More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1058 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  66.78 
 
 		 573 aa  733    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  67.48 
 
 		 575 aa  792    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  67.5 
 
 		 556 aa  768    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  70.56 
 
 		 575 aa  797    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  68.7 
 
 		 573 aa  729    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  68.52 
 
 		 574 aa  806    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  73.08 
 
 		 520 aa  756    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  66.78 
 
 		 573 aa  732    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  67.3 
 
 		 573 aa  739    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 575 aa  1148    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  70.38 
 
 		 590 aa  796    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  39.41 
 
 		 591 aa  354  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  37.52 
 
 		 585 aa  339  9.999999999999999e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.08 
 
 		 574 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  34.54 
 
 		 581 aa  266  7e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 		 586 aa  259  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  35.69 
 
 		 592 aa  252  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  32.73 
 
 		 573 aa  247  4e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.58 
 
 		 582 aa  246  6e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  31.63 
 
 		 562 aa  243  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  32.97 
 
 		 613 aa  232  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  34.43 
 
 		 584 aa  229  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  32.97 
 
 		 613 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  32.65 
 
 		 607 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  33.03 
 
 		 606 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  32.6 
 
 		 613 aa  217  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  32.46 
 
 		 607 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  32.46 
 
 		 607 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  32.46 
 
 		 607 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  31.38 
 
 		 606 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  31.38 
 
 		 606 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  31.38 
 
 		 606 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  31.38 
 
 		 606 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  31.38 
 
 		 606 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  31.38 
 
 		 606 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  31.38 
 
 		 606 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0292  hypothetical protein  30.8 
 
 		 635 aa  212  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.19 
 
 		 571 aa  211  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  32.09 
 
 		 607 aa  208  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  32.09 
 
 		 607 aa  208  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  31.78 
 
 		 607 aa  205  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0345  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 		 616 aa  202  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.856106  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  29.16 
 
 		 572 aa  196  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  32.46 
 
 		 619 aa  193  6e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  30.7 
 
 		 584 aa  191  4e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0398  hypothetical protein  29.24 
 
 		 642 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000413464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  38.89 
 
 		 574 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0280  Tetratricopeptide domain protein  28.7 
 
 		 645 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  36.69 
 
 		 609 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.52 
 
 		 645 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0898  TPR repeat-containing protein  38.58 
 
 		 599 aa  182  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  35.95 
 
 		 616 aa  181  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  28.69 
 
 		 595 aa  177  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1296  tetratricopeptide TPR_4  33.05 
 
 		 594 aa  174  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0902  tetratricopeptide domain-containing protein  28.46 
 
 		 625 aa  173  6.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.285036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.23 
 
 		 553 aa  173  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  28.41 
 
 		 603 aa  172  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  33.21 
 
 		 551 aa  172  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  27.47 
 
 		 587 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.44 
 
 		 564 aa  162  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0954  TPR repeat-containing protein  28.62 
 
 		 595 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  30.4 
 
 		 559 aa  158  3e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  30.22 
 
 		 559 aa  155  2e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  29.08 
 
 		 620 aa  155  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  30.58 
 
 		 567 aa  152  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  28.86 
 
 		 594 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1165  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.11 
 
 		 574 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 606 aa  145  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3601  TPR repeat-containing protein  26.54 
 
 		 603 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.36082  normal  0.484683 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  48.67 
 
 		 494 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  48.98 
 
 		 495 aa  133  7.999999999999999e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0992  TPR repeat-containing protein  42.13 
 
 		 464 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.37346  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 562 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.75 
 
 		 557 aa  114  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  29.97 
 
 		 595 aa  110  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  24.42 
 
 		 573 aa  109  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1444  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.51 
 
 		 581 aa  108  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0231382  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  31.15 
 
 		 677 aa  108  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.96 
 
 		 599 aa  105  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 594 aa  103  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  26.01 
 
 		 573 aa  103  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  34.96 
 
 		 566 aa  100  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  27.69 
 
 		 573 aa  99  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0856  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.22 
 
 		 563 aa  99.4  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000292509  normal  0.491449 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  29.1 
 
 		 572 aa  99  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  27.42 
 
 		 579 aa  97.8  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  26.65 
 
 		 642 aa  97.1  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  25.38 
 
 		 632 aa  96.3  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4357  tetratricopeptide TPR_2  31.35 
 
 		 593 aa  94.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0312227  normal  0.0147446 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  40.31 
 
 		 722 aa  94.4  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  30.38 
 
 		 572 aa  94.4  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  23.09 
 
 		 568 aa  92.8  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1589  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.33 
 
 		 572 aa  92.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.499739 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  28.74 
 
 		 583 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1212  tetratricopeptide TPR_2  29.34 
 
 		 592 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  28.28 
 
 		 621 aa  91.7  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 566 aa  90.9  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 		 425 aa  90.9  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  38.1 
 
 		 617 aa  90.5  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1085  TPR repeat-containing protein  28.96 
 
 		 592 aa  90.5  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>