More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0290 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0290  hypothetical protein  100 
 
 		 262 aa  525  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.422068  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3358  tetratricopeptide TPR_4  67.1 
 
 		 271 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4483  Tetratricopeptide TPR_4  71.86 
 
 		 278 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4195  Tetratricopeptide TPR_4  70.56 
 
 		 278 aa  305  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3954  tetratricopeptide TPR_2  60.63 
 
 		 260 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0729  TPR repeat-containing protein  59.17 
 
 		 268 aa  259  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7038  hypothetical protein  50.45 
 
 		 309 aa  208  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.573891 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4206  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  49.01 
 
 		 264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356132  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0385  tetratricopeptide TPR_2  51.04 
 
 		 269 aa  194  9e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1778  TPR repeat-containing protein  48.29 
 
 		 269 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822909  normal  0.123613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3526  tetratricopeptide TPR_2  49.04 
 
 		 281 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.476305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0295  TPR repeat-containing protein  49.48 
 
 		 290 aa  186  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5686  TPR domain-containing protein  47.09 
 
 		 279 aa  185  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3719  tetratricopeptide TPR_2  48 
 
 		 267 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0239  TPR repeat-containing protein  45.32 
 
 		 326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3159  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  44.95 
 
 		 282 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.646295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3581  tetratricopeptide TPR_4  43.14 
 
 		 272 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211804  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3203  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  46.77 
 
 		 282 aa  165  8e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2977  TPR repeat-containing protein  47.03 
 
 		 282 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.481516 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6390  TPR repeat-containing protein  42.26 
 
 		 266 aa  148  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.20068 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0427  TPR repeat-containing protein  42.55 
 
 		 273 aa  139  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.609361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6795  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  45.37 
 
 		 266 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4586  TPR repeat-containing protein  36.96 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  24.88 
 
 		 597 aa  71.6  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15741  hypothetical protein  29.56 
 
 		 514 aa  70.1  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  26.06 
 
 		 617 aa  66.2  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 542 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2022  TPR repeat-containing protein  25.44 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.372668  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3746  TPR repeat-containing protein  33.74 
 
 		 602 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.824926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  27.98 
 
 		 810 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.63 
 
 		 632 aa  62  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 		 610 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  29.53 
 
 		 465 aa  61.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  24.87 
 
 		 572 aa  61.6  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.81 
 
 		 566 aa  60.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  27.22 
 
 		 3145 aa  60.5  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3239  tetratricopeptide TPR_2  25.51 
 
 		 955 aa  60.5  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.502177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2367  protein kinase  26.58 
 
 		 623 aa  60.1  0.00000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.25 
 
 		 610 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  24.64 
 
 		 795 aa  58.9  0.00000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1157  TPR repeat-containing protein  29.58 
 
 		 522 aa  58.9  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.934871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2379  hypothetical protein  26.32 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.14303 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2363  hypothetical protein  31.78 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000181348  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  23.64 
 
 		 593 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  31.41 
 
 		 878 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  26.11 
 
 		 566 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  26.99 
 
 		 685 aa  57.4  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1719  TPR repeat-containing protein  25.95 
 
 		 583 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.67 
 
 		 557 aa  57.8  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  26.11 
 
 		 425 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  27.18 
 
 		 816 aa  57.4  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1753  TPR repeat-containing protein  26.15 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  26.86 
 
 		 750 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1501  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 629 aa  57  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.961258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1745  TPR repeat-containing protein  28.39 
 
 		 402 aa  57  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 909 aa  56.6  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  23.14 
 
 		 603 aa  56.6  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  25.46 
 
 		 681 aa  56.2  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  29.35 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1879  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 		 324 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643105  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  24.54 
 
 		 607 aa  55.8  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2908  TPR repeat-containing protein  28.07 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4770  sulfotransferase  27.27 
 
 		 887 aa  55.8  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18201  hypothetical protein  32.71 
 
 		 430 aa  55.5  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.48017 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  28.66 
 
 		 545 aa  55.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1891  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 		 333 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1106  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 		 371 aa  55.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.178209 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00381  hypothetical protein  31.62 
 
 		 437 aa  54.7  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2048  hypothetical protein  32.35 
 
 		 336 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00753525  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2453  hypothetical protein  30.77 
 
 		 307 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0330  hypothetical protein  31.73 
 
 		 309 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.159096  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4508  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.54 
 
 		 836 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.885776 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2322  TPR repeat-containing protein  28.76 
 
 		 935 aa  55.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0205826 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  28.66 
 
 		 587 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1674  Flp pilus assembly protein TadD  31.73 
 
 		 309 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.814702  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1117  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 585 aa  53.9  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.573354 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  25.47 
 
 		 637 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3866  TPR repeat protein  29.65 
 
 		 1677 aa  53.9  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1202  TPR repeat-containing protein  29.06 
 
 		 632 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0901  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 		 283 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  30.99 
 
 		 562 aa  53.9  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3977  TPR repeat-containing protein  35.29 
 
 		 716 aa  53.9  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  28.19 
 
 		 739 aa  53.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  25.67 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  30.6 
 
 		 636 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00371  hypothetical protein  26.53 
 
 		 529 aa  53.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  34.91 
 
 		 865 aa  53.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  24.44 
 
 		 1737 aa  53.9  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  30.6 
 
 		 612 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2048  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.25 
 
 		 283 aa  53.1  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.218201  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 		 543 aa  53.1  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1154  TPR repeat-containing protein  24.71 
 
 		 511 aa  53.1  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  32.02 
 
 		 584 aa  53.5  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00431  hypothetical protein  26.45 
 
 		 435 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0863  TPR repeat-containing protein  27.31 
 
 		 647 aa  53.1  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399235 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3430  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.31 
 
 		 633 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.345499 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3111  TPR repeat-containing protein  27.31 
 
 		 631 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.651134 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2882  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.97 
 
 		 767 aa  53.1  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3533  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  31.25 
 
 		 742 aa  52.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  26 
 
 		 621 aa  52.8  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>