More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3430 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3430  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 
633 aa  1273    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.345499 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4380  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  73.18 
 
 
619 aa  882    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.842579  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4074  TPR repeat-containing protein  78.3 
 
 
622 aa  969    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3111  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
631 aa  1268    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.651134 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2747  TPR repeat-containing protein  72.15 
 
 
617 aa  878    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538174  normal  0.232228 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3305  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  97.31 
 
 
633 aa  1220    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.68435  normal  0.412793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  52.42 
 
 
572 aa  591  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1117  TPR repeat-containing protein  52.18 
 
 
585 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.573354 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  43.9 
 
 
593 aa  519  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  45.5 
 
 
617 aa  509  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  48.04 
 
 
579 aa  512  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4357  tetratricopeptide TPR_2  46.68 
 
 
593 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0312227  normal  0.0147446 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1230  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  44.73 
 
 
594 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1085  TPR repeat-containing protein  44.31 
 
 
592 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1212  tetratricopeptide TPR_2  44.31 
 
 
592 aa  492  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  46.77 
 
 
583 aa  474  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  37.94 
 
 
621 aa  382  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  37.03 
 
 
619 aa  378  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  38.96 
 
 
621 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  36.96 
 
 
607 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  38.96 
 
 
621 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  38.89 
 
 
595 aa  363  5.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  36.22 
 
 
610 aa  351  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.4 
 
 
610 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  36.78 
 
 
677 aa  333  7.000000000000001e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0382  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 
576 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  36.42 
 
 
566 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2472  TPR repeat-containing protein  35.38 
 
 
566 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  33.98 
 
 
572 aa  260  7e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  37.71 
 
 
425 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  32.16 
 
 
642 aa  235  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0264  TPR repeat-containing protein  33.39 
 
 
599 aa  229  9e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.907544  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  31.65 
 
 
566 aa  228  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3074  TPR domain protein  32.65 
 
 
584 aa  226  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.83813  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2187  TPR repeat-containing protein  32.06 
 
 
571 aa  220  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1284  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 
612 aa  196  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2168  TPR repeat-containing protein  38.98 
 
 
573 aa  176  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.28547  normal  0.066147 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2662  tetratricopeptide domain-containing protein  32.21 
 
 
557 aa  157  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0513511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  32.5 
 
 
594 aa  152  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4107  TPR repeat-containing protein  28.66 
 
 
552 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.34 
 
 
566 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 
568 aa  126  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  25.5 
 
 
722 aa  125  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  29.96 
 
 
573 aa  124  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  30.58 
 
 
573 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  23.18 
 
 
573 aa  117  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1589  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.95 
 
 
572 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.499739 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  30.26 
 
 
562 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2645  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.83 
 
 
572 aa  109  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000110346  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  25.37 
 
 
581 aa  107  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.11 
 
 
557 aa  107  9e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  27.38 
 
 
594 aa  105  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1186  tetratricopeptide TPR_2  37.42 
 
 
482 aa  102  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0407507  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  23.02 
 
 
567 aa  102  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  29.49 
 
 
632 aa  101  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  28.28 
 
 
586 aa  99  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 
607 aa  97.8  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  28 
 
 
606 aa  97.4  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  28 
 
 
606 aa  97.4  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  28 
 
 
606 aa  97.4  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  28 
 
 
606 aa  97.4  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  28 
 
 
606 aa  97.4  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  28 
 
 
606 aa  97.4  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  28 
 
 
606 aa  97.4  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
613 aa  95.9  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  28.28 
 
 
606 aa  96.3  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2555  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.67 
 
 
804 aa  95.5  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.152731  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  27.6 
 
 
607 aa  95.5  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  27.6 
 
 
607 aa  95.5  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  27.6 
 
 
607 aa  95.5  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  27.2 
 
 
607 aa  94.4  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  27.2 
 
 
607 aa  94.4  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  35.1 
 
 
494 aa  93.2  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  34.42 
 
 
572 aa  92.4  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  27.2 
 
 
607 aa  92.8  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 
613 aa  92.4  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  33.55 
 
 
616 aa  92  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3694  TPR repeat-containing protein  32.93 
 
 
638 aa  91.3  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663272  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.41 
 
 
878 aa  90.1  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  27.05 
 
 
603 aa  89.7  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  31.61 
 
 
592 aa  89  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  32.45 
 
 
609 aa  89  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  31.79 
 
 
613 aa  89.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.36 
 
 
553 aa  89  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  27.51 
 
 
573 aa  89  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  34.48 
 
 
495 aa  85.5  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0856  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.92 
 
 
563 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000292509  normal  0.491449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  33.55 
 
 
591 aa  85.1  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.67 
 
 
564 aa  84.3  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  29.44 
 
 
587 aa  84.3  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  24.8 
 
 
584 aa  84  0.000000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.43 
 
 
571 aa  83.6  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 
584 aa  83.2  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.6 
 
 
582 aa  82.4  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  24.35 
 
 
1737 aa  82  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  27.72 
 
 
551 aa  81.3  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 
573 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1444  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.75 
 
 
581 aa  80.5  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0231382  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  32.87 
 
 
559 aa  80.5  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  28.23 
 
 
585 aa  80.1  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>