181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3358 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3358  tetratricopeptide TPR_4  100 
 
 
271 aa  540  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4195  Tetratricopeptide TPR_4  71.15 
 
 
278 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4483  Tetratricopeptide TPR_4  72.65 
 
 
278 aa  328  6e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0290  hypothetical protein  67.1 
 
 
262 aa  300  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.422068  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0729  TPR repeat-containing protein  58.17 
 
 
268 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3954  tetratricopeptide TPR_2  61.82 
 
 
260 aa  276  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0385  tetratricopeptide TPR_2  46.31 
 
 
269 aa  204  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4206  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  45.78 
 
 
264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356132  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1778  TPR repeat-containing protein  50.75 
 
 
269 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822909  normal  0.123613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7038  hypothetical protein  51.01 
 
 
309 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.573891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0295  TPR repeat-containing protein  44.13 
 
 
290 aa  195  6e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3526  tetratricopeptide TPR_2  51.55 
 
 
281 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.476305  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0239  TPR repeat-containing protein  45.74 
 
 
326 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5686  TPR domain-containing protein  48.48 
 
 
279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3719  tetratricopeptide TPR_2  48.64 
 
 
267 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3159  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  43.36 
 
 
282 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.646295  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3581  tetratricopeptide TPR_4  43 
 
 
272 aa  169  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211804  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3203  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  43.58 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2977  TPR repeat-containing protein  43.78 
 
 
282 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.481516 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6390  TPR repeat-containing protein  40.15 
 
 
266 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.20068 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6795  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  46.63 
 
 
266 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0427  TPR repeat-containing protein  42.41 
 
 
273 aa  135  8e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.609361  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4586  TPR repeat-containing protein  38.59 
 
 
269 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 
572 aa  63.9  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  31.33 
 
 
425 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  31.33 
 
 
566 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1674  Flp pilus assembly protein TadD  33.91 
 
 
309 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.814702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0330  hypothetical protein  33.91 
 
 
309 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.159096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1879  TPR repeat-containing protein  33.91 
 
 
324 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643105  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1284  TPR repeat-containing protein  28.34 
 
 
612 aa  60.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1891  TPR repeat-containing protein  33.91 
 
 
333 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2048  hypothetical protein  34.51 
 
 
336 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00753525  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2453  hypothetical protein  31.82 
 
 
307 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  27.51 
 
 
3145 aa  58.5  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2472  TPR repeat-containing protein  31.93 
 
 
566 aa  57  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3934  TPR repeat-containing protein  30.84 
 
 
285 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal  0.136531 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  28.07 
 
 
610 aa  55.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3427  TPR repeat-containing protein  27.71 
 
 
285 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204482  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  31.91 
 
 
505 aa  55.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3533  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  30.07 
 
 
742 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1811  TPR repeat-containing protein  29.83 
 
 
523 aa  53.5  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1154  TPR repeat-containing protein  27.62 
 
 
511 aa  53.9  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3746  TPR repeat-containing protein  30.17 
 
 
602 aa  53.5  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.824926  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1117  TPR repeat-containing protein  27.23 
 
 
585 aa  53.1  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.573354 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  28.95 
 
 
566 aa  53.5  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2051  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 
292 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00932156  normal  0.0498095 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15741  hypothetical protein  31.19 
 
 
514 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
448 aa  52.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2048  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.15 
 
 
283 aa  52.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.218201  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2322  TPR repeat-containing protein  30.26 
 
 
935 aa  52.4  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0205826 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  25.98 
 
 
587 aa  52.4  0.000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1628  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  29.52 
 
 
924 aa  52.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.57702  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.34 
 
 
557 aa  52  0.000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.9 
 
 
610 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4508  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.04 
 
 
836 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.885776 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  36.19 
 
 
542 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3239  tetratricopeptide TPR_2  27.42 
 
 
955 aa  52  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.502177  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  22.31 
 
 
315 aa  50.8  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  29.59 
 
 
626 aa  51.2  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  29.89 
 
 
681 aa  50.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  29.02 
 
 
685 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3074  TPR domain protein  26.37 
 
 
584 aa  50.8  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.83813  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  32.06 
 
 
612 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  29.59 
 
 
626 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3120  TPR repeat-containing protein  30.41 
 
 
767 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  32.06 
 
 
636 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  27.95 
 
 
465 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  25.71 
 
 
1676 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  27.62 
 
 
909 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0484  TPR repeat-containing protein  26.39 
 
 
435 aa  50.8  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  26.78 
 
 
816 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  25.85 
 
 
733 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0693  TPR repeat-containing protein  25.33 
 
 
395 aa  50.4  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0712051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  26.9 
 
 
626 aa  50.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1157  TPR repeat-containing protein  36.9 
 
 
522 aa  50.1  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.934871  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  28.86 
 
 
614 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  28.86 
 
 
614 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  28.86 
 
 
614 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  28.86 
 
 
614 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  28.86 
 
 
614 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  26.52 
 
 
621 aa  49.7  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  28.05 
 
 
837 aa  49.7  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1062  TPR repeat-containing protein  33.1 
 
 
503 aa  49.3  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0498001 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  26.67 
 
 
795 aa  49.3  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  27.18 
 
 
543 aa  49.3  0.00007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  26.88 
 
 
865 aa  49.3  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  32.09 
 
 
639 aa  48.9  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  24.24 
 
 
3035 aa  48.9  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.88 
 
 
632 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4290  TPR domain-containing protein  24.64 
 
 
219 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4127  TPR repeat-containing protein  24.64 
 
 
219 aa  48.1  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0499017  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  27.63 
 
 
619 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  30.41 
 
 
637 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  32.46 
 
 
750 aa  48.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  30.58 
 
 
395 aa  48.5  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4624  TPR domain-containing protein  24.64 
 
 
219 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.472019  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4515  TPR domain protein  24.64 
 
 
219 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  31.01 
 
 
620 aa  48.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  27.27 
 
 
1737 aa  48.5  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4475  TPR domain protein  24.64 
 
 
219 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000190548 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>