More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0769 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  95.64 
 
 		 573 aa  1070    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  71.43 
 
 		 575 aa  834    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  72.04 
 
 		 556 aa  811    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  67.3 
 
 		 575 aa  751    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  72.35 
 
 		 574 aa  838    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  92.67 
 
 		 573 aa  1015    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  95.46 
 
 		 573 aa  1064    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  67.6 
 
 		 590 aa  752    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  70.38 
 
 		 520 aa  727    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  67.42 
 
 		 575 aa  749    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 573 aa  1147    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  38.27 
 
 		 591 aa  325  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  37.9 
 
 		 585 aa  323  4e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  36.4 
 
 		 584 aa  274  3e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  34.32 
 
 		 581 aa  272  9e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  33.16 
 
 		 562 aa  262  1e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.44 
 
 		 574 aa  258  3e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  35.7 
 
 		 592 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  32.5 
 
 		 586 aa  244  3e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  32.68 
 
 		 573 aa  242  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.45 
 
 		 582 aa  231  3e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 		 571 aa  216  8e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  32.33 
 
 		 607 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  32.33 
 
 		 607 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  32.33 
 
 		 607 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  32.78 
 
 		 613 aa  209  9e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  30.5 
 
 		 572 aa  209  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  31.95 
 
 		 607 aa  207  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 		 607 aa  206  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 		 607 aa  206  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  32.19 
 
 		 619 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0345  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 		 616 aa  201  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.856106  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  30.52 
 
 		 606 aa  200  6e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0292  hypothetical protein  30.05 
 
 		 635 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  39.35 
 
 		 609 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  29.89 
 
 		 595 aa  198  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  32.1 
 
 		 574 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  30.16 
 
 		 606 aa  196  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  30.16 
 
 		 606 aa  196  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  30.16 
 
 		 606 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  30.16 
 
 		 606 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  30.16 
 
 		 606 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  30.16 
 
 		 606 aa  196  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  30.16 
 
 		 606 aa  196  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  31.21 
 
 		 613 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0898  TPR repeat-containing protein  32.1 
 
 		 599 aa  196  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  30.7 
 
 		 607 aa  195  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  30.15 
 
 		 613 aa  194  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  29.63 
 
 		 587 aa  187  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.16 
 
 		 645 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  29.62 
 
 		 616 aa  181  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0280  Tetratricopeptide domain protein  29.16 
 
 		 645 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0954  TPR repeat-containing protein  35 
 
 		 595 aa  179  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  30.81 
 
 		 584 aa  178  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0902  tetratricopeptide domain-containing protein  30.15 
 
 		 625 aa  179  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.285036  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0398  hypothetical protein  28.77 
 
 		 642 aa  177  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000413464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  31.83 
 
 		 551 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.47 
 
 		 553 aa  174  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1296  tetratricopeptide TPR_4  34.01 
 
 		 594 aa  174  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  28.47 
 
 		 603 aa  174  5.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  29.57 
 
 		 620 aa  166  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.02 
 
 		 564 aa  155  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  39.27 
 
 		 559 aa  155  2e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  39.27 
 
 		 559 aa  154  4e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1165  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.35 
 
 		 574 aa  149  9e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  48.98 
 
 		 495 aa  139  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  46.5 
 
 		 494 aa  139  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  26.71 
 
 		 594 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0992  TPR repeat-containing protein  36.73 
 
 		 464 aa  125  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.37346  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  23.81 
 
 		 606 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  27.24 
 
 		 567 aa  124  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3601  TPR repeat-containing protein  25.31 
 
 		 603 aa  120  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.36082  normal  0.484683 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  26.42 
 
 		 573 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1444  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.52 
 
 		 581 aa  114  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0231382  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1154  TPR repeat-containing protein  26.77 
 
 		 511 aa  112  2.0000000000000002e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.27 
 
 		 599 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  23.89 
 
 		 594 aa  102  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  27.33 
 
 		 632 aa  100  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  26.44 
 
 		 562 aa  100  8e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 		 595 aa  100  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  24.38 
 
 		 573 aa  98.2  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  29.47 
 
 		 572 aa  95.9  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  27.11 
 
 		 642 aa  94.4  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1589  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.66 
 
 		 572 aa  92.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.499739 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  28.99 
 
 		 425 aa  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  28.23 
 
 		 677 aa  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  28.99 
 
 		 566 aa  91.7  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  27.35 
 
 		 566 aa  91.3  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0856  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.76 
 
 		 563 aa  90.5  8e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000292509  normal  0.491449 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  27.17 
 
 		 573 aa  90.1  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.62 
 
 		 566 aa  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 722 aa  89.7  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  27.94 
 
 		 621 aa  88.6  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  27.94 
 
 		 621 aa  88.6  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  22.32 
 
 		 568 aa  88.2  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  31.43 
 
 		 572 aa  88.2  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  27.93 
 
 		 579 aa  87  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0382  TPR repeat-containing protein  29.27 
 
 		 576 aa  86.3  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2645  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.73 
 
 		 572 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000110346  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  30.24 
 
 		 617 aa  85.5  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>