More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2477 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  100 
 
 
864 aa  1790    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  34.44 
 
 
564 aa  223  8e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.56 
 
 
563 aa  215  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 
564 aa  212  2e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  32.97 
 
 
556 aa  209  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  32.47 
 
 
518 aa  201  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.64 
 
 
554 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.61 
 
 
512 aa  196  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  34.21 
 
 
520 aa  165  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  31.3 
 
 
488 aa  160  9e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  31.92 
 
 
529 aa  158  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  41.18 
 
 
681 aa  155  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  31.01 
 
 
487 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  26.02 
 
 
548 aa  151  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  34.15 
 
 
473 aa  150  1.0000000000000001e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.73 
 
 
459 aa  147  7.0000000000000006e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  29.46 
 
 
459 aa  146  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  38.31 
 
 
637 aa  144  8e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  43.3 
 
 
685 aa  143  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.22 
 
 
484 aa  141  7e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.11 
 
 
472 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.52 
 
 
472 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 
462 aa  140  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.34 
 
 
472 aa  139  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.27 
 
 
677 aa  139  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  28.95 
 
 
489 aa  139  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  38.24 
 
 
362 aa  139  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  41.3 
 
 
909 aa  136  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  31.56 
 
 
450 aa  137  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  42.86 
 
 
816 aa  135  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 
490 aa  135  3.9999999999999996e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  37.62 
 
 
603 aa  135  5e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.85 
 
 
441 aa  134  6e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  36.84 
 
 
810 aa  134  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  28.53 
 
 
475 aa  133  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.51 
 
 
485 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  38.89 
 
 
739 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  38.67 
 
 
865 aa  132  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  27.24 
 
 
723 aa  131  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  29.32 
 
 
501 aa  131  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  24.82 
 
 
488 aa  131  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.16 
 
 
681 aa  130  9.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 
470 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 
441 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  38.34 
 
 
750 aa  129  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
471 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
494 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.5 
 
 
674 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  35.89 
 
 
878 aa  128  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  28.42 
 
 
494 aa  127  9e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.33 
 
 
487 aa  127  9e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  28.42 
 
 
494 aa  127  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
494 aa  127  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4628  TPR repeat-containing protein  39.13 
 
 
714 aa  125  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.342126 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  31.65 
 
 
475 aa  123  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  36.6 
 
 
612 aa  123  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30.15 
 
 
476 aa  123  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2476  TPR domain-containing protein  34.56 
 
 
566 aa  122  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.834275  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  45.11 
 
 
795 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  39.37 
 
 
626 aa  121  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0911  TPR domain-containing protein  39.53 
 
 
714 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0702  TPR repeat-containing protein  37.56 
 
 
667 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.274193  normal  0.091435 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.83 
 
 
473 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  30.41 
 
 
475 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.72 
 
 
501 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  38.92 
 
 
620 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 
524 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  28.74 
 
 
424 aa  119  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0815  TPR repeat-containing protein  39 
 
 
235 aa  118  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0605859  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.61 
 
 
647 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  24.87 
 
 
425 aa  118  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  28.03 
 
 
467 aa  118  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 
461 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.96 
 
 
476 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  29.6 
 
 
497 aa  117  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00381  hypothetical protein  33.33 
 
 
437 aa  117  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  36.95 
 
 
639 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  30.87 
 
 
528 aa  116  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.92 
 
 
534 aa  116  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  28.84 
 
 
476 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.16 
 
 
520 aa  115  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  37.44 
 
 
620 aa  115  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  25.89 
 
 
468 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18201  hypothetical protein  47.15 
 
 
430 aa  115  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.48017 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 
647 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  28.02 
 
 
460 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 
506 aa  115  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  26.17 
 
 
506 aa  115  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  36.95 
 
 
635 aa  115  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.5 
 
 
632 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  36.95 
 
 
635 aa  115  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1719  TPR repeat-containing protein  36.99 
 
 
583 aa  114  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  26.17 
 
 
506 aa  114  8.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  28.15 
 
 
424 aa  114  9e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3958  TPR repeat-containing protein  29.83 
 
 
811 aa  114  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0310982  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.06 
 
 
612 aa  114  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  36.89 
 
 
614 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  36.89 
 
 
626 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  36.45 
 
 
611 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  32.9 
 
 
3145 aa  113  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>