More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1082 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009565  TBFG_13029  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.18 
 
 		 691 aa  756    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00166162  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2839  NAD-dependent DNA ligase  61.52 
 
 		 732 aa  790    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1109  DNA ligase, NAD-dependent  62.52 
 
 		 710 aa  813    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.822067  normal  0.0130408 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1313  DNA ligase, NAD-dependent  55.45 
 
 		 723 aa  744    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09780  DNA ligase, NAD-dependent  57.93 
 
 		 770 aa  749    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0919066  normal  0.0297571 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1450  DNA ligase, NAD-dependent  61.59 
 
 		 736 aa  778    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.824351 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0160  DNA ligase, NAD-dependent  58.02 
 
 		 775 aa  761    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0603  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.22 
 
 		 731 aa  780    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4086  DNA ligase, NAD-dependent  63.82 
 
 		 716 aa  821    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2365  DNA ligase NAD-dependent  54.62 
 
 		 749 aa  738    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  61.54 
 
 		 696 aa  795    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1861  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.47 
 
 		 701 aa  754    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0141215  normal  0.135266 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3250  DNA ligase, NAD-dependent  57.14 
 
 		 691 aa  735    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  82.43 
 
 		 706 aa  1105    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05940  DNA ligase, NAD-dependent  49.87 
 
 		 797 aa  643    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3563  DNA ligase, NAD-dependent  60.79 
 
 		 722 aa  808    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.413726  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1082  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 703 aa  1392    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.12807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4248  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.41 
 
 		 712 aa  757    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0769437  normal  0.764514 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1881  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.47 
 
 		 701 aa  754    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6038  DNA ligase, NAD-dependent  58.64 
 
 		 816 aa  731    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1375  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.15 
 
 		 782 aa  685    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2900  DNA ligase, NAD-dependent  57.75 
 
 		 688 aa  738    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1217  DNA ligase, NAD-dependent  62.08 
 
 		 711 aa  810    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.554816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1342  DNA ligase, NAD-dependent  54.99 
 
 		 770 aa  710    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000259752 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08690  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.04 
 
 		 731 aa  791    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1298  DNA ligase, NAD-dependent  55.68 
 
 		 790 aa  723    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.95995  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  65.84 
 
 		 695 aa  876    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3440  DNA ligase, NAD-dependent  57.14 
 
 		 752 aa  679    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8077  DNA ligase (NAD(+))  56.94 
 
 		 726 aa  721    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.206644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1927  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.47 
 
 		 701 aa  754    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2112  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.67 
 
 		 707 aa  770    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10480  DNA ligase, NAD-dependent  55.14 
 
 		 871 aa  627  1e-178  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1716  DNA ligase, NAD-dependent  48.22 
 
 		 798 aa  616  1e-175  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  47.7 
 
 		 681 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.73 
 
 		 670 aa  600  1e-170  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  48.73 
 
 		 708 aa  596  1e-169  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  47.5 
 
 		 672 aa  598  1e-169  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  47.4 
 
 		 718 aa  589  1e-167  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.78 
 
 		 670 aa  590  1e-167  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  46.27 
 
 		 726 aa  584  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  46.13 
 
 		 677 aa  581  1e-164  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  44.48 
 
 		 670 aa  578  1.0000000000000001e-163  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  47.68 
 
 		 666 aa  578  1.0000000000000001e-163  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  46.09 
 
 		 711 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  45.23 
 
 		 670 aa  573  1.0000000000000001e-162  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  45.59 
 
 		 661 aa  573  1.0000000000000001e-162  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  47.13 
 
 		 672 aa  570  1e-161  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1111  DNA ligase, NAD-dependent  44.54 
 
 		 705 aa  562  1.0000000000000001e-159  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.878311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  44.98 
 
 		 683 aa  560  1e-158  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  46.37 
 
 		 671 aa  558  1e-158  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  47.84 
 
 		 712 aa  559  1e-158  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  46.95 
 
 		 691 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  46.95 
 
 		 691 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  46.95 
 
 		 691 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  46.95 
 
 		 691 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  46.95 
 
 		 691 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  46.95 
 
 		 691 aa  555  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  46.82 
 
 		 691 aa  553  1e-156  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  45.18 
 
 		 708 aa  553  1e-156  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  47.01 
 
 		 685 aa  554  1e-156  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  46.95 
 
 		 691 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  41.27 
 
 		 665 aa  549  1e-155  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  44.32 
 
 		 721 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  46.57 
 
 		 697 aa  549  1e-155  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  46.37 
 
 		 671 aa  546  1e-154  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  46.51 
 
 		 691 aa  546  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  46.69 
 
 		 683 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  47.09 
 
 		 688 aa  545  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  42.6 
 
 		 662 aa  545  1e-154  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  46.76 
 
 		 673 aa  545  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  46.39 
 
 		 691 aa  543  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  41.64 
 
 		 663 aa  543  1e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  44.29 
 
 		 673 aa  543  1e-153  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.39 
 
 		 671 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  45.39 
 
 		 671 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  45.11 
 
 		 670 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.39 
 
 		 671 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.48 
 
 		 669 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  46.04 
 
 		 688 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  45.98 
 
 		 691 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.39 
 
 		 671 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.39 
 
 		 671 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  46.02 
 
 		 691 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  46.17 
 
 		 746 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.23 
 
 		 671 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  45.39 
 
 		 671 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  46.17 
 
 		 691 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  46.17 
 
 		 691 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.23 
 
 		 671 aa  537  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  42.68 
 
 		 678 aa  536  1e-151  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  46.02 
 
 		 691 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  43.69 
 
 		 663 aa  532  1e-150  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.87 
 
 		 679 aa  534  1e-150  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  45.52 
 
 		 685 aa  534  1e-150  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  43.69 
 
 		 673 aa  533  1e-150  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.5 
 
 		 671 aa  534  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  43.66 
 
 		 659 aa  533  1e-150  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  43.64 
 
 		 674 aa  529  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  45.05 
 
 		 675 aa  530  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  40.12 
 
 		 662 aa  529  1e-149  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>