More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3250 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2839  NAD-dependent DNA ligase  57.02 
 
 		 732 aa  752    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1313  DNA ligase, NAD-dependent  53.43 
 
 		 723 aa  752    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13029  NAD-dependent DNA ligase LigA  71.64 
 
 		 691 aa  1018    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00166162  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1716  DNA ligase, NAD-dependent  51.36 
 
 		 798 aa  702    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09780  DNA ligase, NAD-dependent  59.49 
 
 		 770 aa  821    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0919066  normal  0.0297571 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1217  DNA ligase, NAD-dependent  62.56 
 
 		 711 aa  850    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.554816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4248  NAD-dependent DNA ligase LigA  72.33 
 
 		 712 aa  1022    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0769437  normal  0.764514 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1342  DNA ligase, NAD-dependent  55.13 
 
 		 770 aa  754    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000259752 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05940  DNA ligase, NAD-dependent  52.88 
 
 		 797 aa  713    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0603  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.06 
 
 		 731 aa  772    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1109  DNA ligase, NAD-dependent  63.3 
 
 		 710 aa  854    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.822067  normal  0.0130408 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1861  NAD-dependent DNA ligase LigA  73.96 
 
 		 701 aa  1023    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0141215  normal  0.135266 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2365  DNA ligase NAD-dependent  53.54 
 
 		 749 aa  748    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  65.5 
 
 		 696 aa  901    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1450  DNA ligase, NAD-dependent  64.77 
 
 		 736 aa  833    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.824351 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6038  DNA ligase, NAD-dependent  65.83 
 
 		 816 aa  900    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8077  DNA ligase (NAD(+))  55.3 
 
 		 726 aa  704    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.206644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  57.1 
 
 		 706 aa  727    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3250  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 691 aa  1401    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4086  DNA ligase, NAD-dependent  60.15 
 
 		 716 aa  816    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2900  DNA ligase, NAD-dependent  74.12 
 
 		 688 aa  1031    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0160  DNA ligase, NAD-dependent  55.92 
 
 		 775 aa  764    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1375  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.33 
 
 		 782 aa  761    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1881  NAD-dependent DNA ligase LigA  73.96 
 
 		 701 aa  1023    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10480  DNA ligase, NAD-dependent  52.57 
 
 		 871 aa  764    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1298  DNA ligase, NAD-dependent  55.45 
 
 		 790 aa  766    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.95995  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3563  DNA ligase, NAD-dependent  58.05 
 
 		 722 aa  776    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.413726  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  62.87 
 
 		 695 aa  863    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1082  DNA ligase, NAD-dependent  57.14 
 
 		 703 aa  735    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.12807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3440  DNA ligase, NAD-dependent  60.99 
 
 		 752 aa  784    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1927  NAD-dependent DNA ligase LigA  73.96 
 
 		 701 aa  1023    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2112  NAD-dependent DNA ligase LigA  74.08 
 
 		 707 aa  1029    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08690  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.75 
 
 		 731 aa  940    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2404  DNA ligase, NAD-dependent  44.18 
 
 		 830 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.68364  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  45.73 
 
 		 708 aa  556  1e-157  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  43.89 
 
 		 670 aa  552  1e-156  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  45.32 
 
 		 681 aa  550  1e-155  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  45.05 
 
 		 712 aa  551  1e-155  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  45.76 
 
 		 708 aa  546  1e-154  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1113  DNA ligase, NAD-dependent  58.25 
 
 		 824 aa  545  1e-154  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.445246  hitchhiker  0.00383916 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  43.98 
 
 		 672 aa  543  1e-153  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  43.77 
 
 		 726 aa  543  1e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1111  DNA ligase, NAD-dependent  44.8 
 
 		 705 aa  538  1e-151  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.878311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 746 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  45.04 
 
 		 691 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 691 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  45.01 
 
 		 691 aa  532  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  43.37 
 
 		 718 aa  534  1e-150  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  44.78 
 
 		 691 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  44.93 
 
 		 691 aa  534  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 691 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  44.56 
 
 		 677 aa  532  1e-150  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  44.46 
 
 		 711 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  43.3 
 
 		 671 aa  524  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  44.17 
 
 		 706 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  44.54 
 
 		 685 aa  524  1e-147  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 		 670 aa  523  1e-147  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  44.94 
 
 		 672 aa  519  1e-146  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0066  NAD-dependent DNA ligase  56.84 
 
 		 920 aa  521  1e-146  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04740  DNA ligase, NAD-dependent  45.04 
 
 		 725 aa  520  1e-146  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.113755  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  44.35 
 
 		 673 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 683 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  45.21 
 
 		 671 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  43.03 
 
 		 666 aa  518  1.0000000000000001e-145  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  41.94 
 
 		 670 aa  518  1.0000000000000001e-145  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  45.36 
 
 		 691 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  43.7 
 
 		 683 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  44.64 
 
 		 670 aa  515  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  44.79 
 
 		 675 aa  515  1e-144  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  44.7 
 
 		 691 aa  514  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  44.26 
 
 		 688 aa  515  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  46.23 
 
 		 673 aa  515  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  43.02 
 
 		 688 aa  514  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  43.62 
 
 		 690 aa  511  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  44.85 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.2 
 
 		 670 aa  511  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  42.64 
 
 		 662 aa  509  1e-143  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  44.7 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0781  DNA ligase (NAD(+))  51.53 
 
 		 962 aa  512  1e-143  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  44.7 
 
 		 691 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  42.35 
 
 		 663 aa  506  9.999999999999999e-143  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  43.51 
 
 		 668 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  39.18 
 
 		 681 aa  506  9.999999999999999e-143  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  43.72 
 
 		 707 aa  507  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  41.97 
 
 		 671 aa  503  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.97 
 
 		 671 aa  503  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  41.97 
 
 		 671 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.97 
 
 		 671 aa  503  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  41.97 
 
 		 675 aa  504  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  44.35 
 
 		 693 aa  504  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.5 
 
 		 679 aa  504  1e-141  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.97 
 
 		 671 aa  503  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  42.73 
 
 		 674 aa  505  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.86 
 
 		 671 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  42.35 
 
 		 721 aa  505  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.97 
 
 		 671 aa  504  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>