More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1716 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3250  DNA ligase, NAD-dependent  51.36 
 
 
691 aa  702    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4086  DNA ligase, NAD-dependent  52.47 
 
 
716 aa  671    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1342  DNA ligase, NAD-dependent  54.43 
 
 
770 aa  760    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000259752 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0603  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.8 
 
 
731 aa  652    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2900  DNA ligase, NAD-dependent  51.44 
 
 
688 aa  687    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  53.47 
 
 
696 aa  702    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13029  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.69 
 
 
691 aa  714    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00166162  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1716  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 
798 aa  1627    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09780  DNA ligase, NAD-dependent  57.82 
 
 
770 aa  773    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0919066  normal  0.0297571 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6038  DNA ligase, NAD-dependent  52 
 
 
816 aa  681    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1109  DNA ligase, NAD-dependent  52.39 
 
 
710 aa  693    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.822067  normal  0.0130408 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1217  DNA ligase, NAD-dependent  52.04 
 
 
711 aa  683    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.554816  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0160  DNA ligase, NAD-dependent  53.83 
 
 
775 aa  694    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18930  DNA ligase, NAD-dependent  49.03 
 
 
871 aa  694    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.333136  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05940  DNA ligase, NAD-dependent  52.53 
 
 
797 aa  710    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1375  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.21 
 
 
782 aa  817    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3563  DNA ligase, NAD-dependent  51.42 
 
 
722 aa  675    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.413726  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1313  DNA ligase, NAD-dependent  50.53 
 
 
723 aa  677    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4248  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.9 
 
 
712 aa  723    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0769437  normal  0.764514 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2365  DNA ligase NAD-dependent  50.13 
 
 
749 aa  659    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255123  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1881  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.96 
 
 
701 aa  709    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10480  DNA ligase, NAD-dependent  62.44 
 
 
871 aa  758    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1861  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.96 
 
 
701 aa  709    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0141215  normal  0.135266 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8077  DNA ligase (NAD(+))  51.24 
 
 
726 aa  640    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.206644  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08690  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.78 
 
 
731 aa  682    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2839  NAD-dependent DNA ligase  51.77 
 
 
732 aa  660    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1113  DNA ligase, NAD-dependent  51.58 
 
 
824 aa  714    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.445246  hitchhiker  0.00383916 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1298  DNA ligase, NAD-dependent  53.76 
 
 
790 aa  738    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.95995  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1450  DNA ligase, NAD-dependent  54.47 
 
 
736 aa  675    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.824351 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  52.4 
 
 
695 aa  682    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2404  DNA ligase, NAD-dependent  47.18 
 
 
830 aa  648    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.68364  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3440  DNA ligase, NAD-dependent  53.83 
 
 
752 aa  689    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1927  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.96 
 
 
701 aa  709    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913001  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2112  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.49 
 
 
707 aa  725    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1082  DNA ligase, NAD-dependent  48.04 
 
 
703 aa  617  1e-175  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.12807  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  48.08 
 
 
706 aa  613  9.999999999999999e-175  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0781  DNA ligase (NAD(+))  43.18 
 
 
962 aa  595  1e-168  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0066  NAD-dependent DNA ligase  48.85 
 
 
920 aa  514  1e-144  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.28 
 
 
670 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  39.92 
 
 
672 aa  490  1e-137  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  40.59 
 
 
681 aa  492  1e-137  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  41.2 
 
 
708 aa  491  1e-137  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  38.96 
 
 
670 aa  483  1e-135  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  41.76 
 
 
691 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  41.94 
 
 
683 aa  484  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  41.76 
 
 
691 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  42.15 
 
 
688 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  41.48 
 
 
691 aa  478  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1111  DNA ligase, NAD-dependent  40.24 
 
 
705 aa  476  1e-133  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.878311  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  39.39 
 
 
670 aa  478  1e-133  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  41.48 
 
 
691 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  41.51 
 
 
708 aa  473  1e-132  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  38.69 
 
 
677 aa  472  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  41.48 
 
 
746 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  41.48 
 
 
691 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  39.45 
 
 
675 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  41.21 
 
 
691 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  41.48 
 
 
691 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  39.48 
 
 
670 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.81 
 
 
670 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  41.38 
 
 
688 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  37.16 
 
 
665 aa  468  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  39.28 
 
 
706 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04740  DNA ligase, NAD-dependent  41.47 
 
 
725 aa  467  9.999999999999999e-131  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.113755  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  40.8 
 
 
691 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.26 
 
 
669 aa  463  1e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  38.82 
 
 
683 aa  465  1e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  40.8 
 
 
691 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  40.19 
 
 
711 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  40.8 
 
 
691 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  40.8 
 
 
691 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  40.8 
 
 
691 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  37.76 
 
 
677 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.94 
 
 
673 aa  464  1e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  40.8 
 
 
691 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  40.8 
 
 
691 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.99 
 
 
669 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  39.56 
 
 
712 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.26 
 
 
669 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.26 
 
 
669 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.26 
 
 
669 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.12 
 
 
669 aa  462  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  39.78 
 
 
678 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.99 
 
 
669 aa  456  1e-127  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.12 
 
 
669 aa  459  1e-127  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.99 
 
 
669 aa  457  1e-127  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  39.75 
 
 
672 aa  457  1e-127  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.71 
 
 
676 aa  457  1e-127  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  36.71 
 
 
667 aa  458  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  37.3 
 
 
669 aa  457  1e-127  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  40.5 
 
 
697 aa  458  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  39.92 
 
 
691 aa  457  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  36.71 
 
 
667 aa  458  1e-127  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  36.99 
 
 
669 aa  456  1e-127  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  41.06 
 
 
673 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  38.53 
 
 
690 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  38.67 
 
 
690 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  38.75 
 
 
691 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  36.44 
 
 
678 aa  452  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  38.75 
 
 
689 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>