More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3440 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013510  Tcur_3563  DNA ligase, NAD-dependent  58.02 
 
 		 722 aa  772    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.413726  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2900  DNA ligase, NAD-dependent  61.99 
 
 		 688 aa  822    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09780  DNA ligase, NAD-dependent  61.04 
 
 		 770 aa  790    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0919066  normal  0.0297571 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1861  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.96 
 
 		 701 aa  832    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0141215  normal  0.135266 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1113  DNA ligase, NAD-dependent  51.89 
 
 		 824 aa  693    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.445246  hitchhiker  0.00383916 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8077  DNA ligase (NAD(+))  57.7 
 
 		 726 aa  726    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.206644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1217  DNA ligase, NAD-dependent  63.43 
 
 		 711 aa  831    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.554816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1450  DNA ligase, NAD-dependent  62.3 
 
 		 736 aa  766    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.824351 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0603  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.5 
 
 		 731 aa  732    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1716  DNA ligase, NAD-dependent  53.83 
 
 		 798 aa  706    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3250  DNA ligase, NAD-dependent  60.99 
 
 		 691 aa  804    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13029  NAD-dependent DNA ligase LigA  65.06 
 
 		 691 aa  856    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00166162  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1313  DNA ligase, NAD-dependent  58.91 
 
 		 723 aa  790    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1082  DNA ligase, NAD-dependent  57.14 
 
 		 703 aa  700    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.12807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05940  DNA ligase, NAD-dependent  52.59 
 
 		 797 aa  691    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4086  DNA ligase, NAD-dependent  59.13 
 
 		 716 aa  760    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  56.18 
 
 		 706 aa  694    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2839  NAD-dependent DNA ligase  58.86 
 
 		 732 aa  764    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  63.69 
 
 		 696 aa  829    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1881  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.96 
 
 		 701 aa  832    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6038  DNA ligase, NAD-dependent  62.06 
 
 		 816 aa  808    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08690  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.66 
 
 		 731 aa  829    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2365  DNA ligase NAD-dependent  54.3 
 
 		 749 aa  725    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1342  DNA ligase, NAD-dependent  57.26 
 
 		 770 aa  772    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000259752 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1375  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.15 
 
 		 782 aa  751    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4248  NAD-dependent DNA ligase LigA  64.02 
 
 		 712 aa  832    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0769437  normal  0.764514 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1109  DNA ligase, NAD-dependent  62.89 
 
 		 710 aa  841    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.822067  normal  0.0130408 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1298  DNA ligase, NAD-dependent  55.56 
 
 		 790 aa  771    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.95995  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0160  DNA ligase, NAD-dependent  55.9 
 
 		 775 aa  736    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  59.83 
 
 		 695 aa  791    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3440  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 752 aa  1515    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1927  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.96 
 
 		 701 aa  832    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2112  NAD-dependent DNA ligase LigA  63.19 
 
 		 707 aa  827    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2404  DNA ligase, NAD-dependent  48.3 
 
 		 830 aa  610  1e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.68364  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10480  DNA ligase, NAD-dependent  54.85 
 
 		 871 aa  607  9.999999999999999e-173  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  46.43 
 
 		 708 aa  559  1e-158  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  46.28 
 
 		 708 aa  555  1e-156  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04740  DNA ligase, NAD-dependent  46.81 
 
 		 725 aa  545  1e-153  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.113755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1111  DNA ligase, NAD-dependent  44.6 
 
 		 705 aa  538  1e-151  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.878311  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  45.78 
 
 		 673 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  44.02 
 
 		 670 aa  525  1e-147  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  43.9 
 
 		 681 aa  525  1e-147  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  44.64 
 
 		 683 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  44.17 
 
 		 711 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  44.86 
 
 		 691 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  44.22 
 
 		 691 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  44.51 
 
 		 691 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  44.07 
 
 		 672 aa  519  1.0000000000000001e-145  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  44.67 
 
 		 691 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  46.21 
 
 		 675 aa  509  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 691 aa  511  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  43.65 
 
 		 726 aa  509  1e-143  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 691 aa  511  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  44.32 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  44.62 
 
 		 671 aa  509  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  43.9 
 
 		 683 aa  511  1e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  43.87 
 
 		 746 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  44.28 
 
 		 691 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  43.93 
 
 		 691 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  43.93 
 
 		 691 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.02 
 
 		 671 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  43.59 
 
 		 718 aa  506  9.999999999999999e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 677 aa  507  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.02 
 
 		 671 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  43.34 
 
 		 685 aa  504  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  44 
 
 		 671 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.74 
 
 		 670 aa  502  1e-141  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  42.92 
 
 		 721 aa  505  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  45.49 
 
 		 673 aa  503  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  42.53 
 
 		 669 aa  502  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.17 
 
 		 669 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.82 
 
 		 681 aa  500  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.85 
 
 		 671 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  43.1 
 
 		 688 aa  501  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  42.98 
 
 		 688 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.7 
 
 		 671 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  43.5 
 
 		 690 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  43.5 
 
 		 690 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  42.11 
 
 		 670 aa  500  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.66 
 
 		 669 aa  496  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  45.13 
 
 		 693 aa  496  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  43.24 
 
 		 685 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.96 
 
 		 670 aa  498  1e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.6 
 
 		 670 aa  498  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.45 
 
 		 670 aa  495  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  43.53 
 
 		 670 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  43.34 
 
 		 689 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.45 
 
 		 670 aa  495  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  41.4 
 
 		 675 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  42.94 
 
 		 685 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  41.1 
 
 		 670 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  43.05 
 
 		 674 aa  495  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  44.2 
 
 		 672 aa  494  9.999999999999999e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.53 
 
 		 681 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  43.09 
 
 		 685 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  43.15 
 
 		 691 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>