More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4086 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0160  DNA ligase, NAD-dependent  58.48 
 
 		 775 aa  796    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8077  DNA ligase (NAD(+))  59.86 
 
 		 726 aa  798    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.206644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1342  DNA ligase, NAD-dependent  55.95 
 
 		 770 aa  772    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000259752 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2365  DNA ligase NAD-dependent  55.6 
 
 		 749 aa  796    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13029  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.51 
 
 		 691 aa  888    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00166162  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4086  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 716 aa  1437    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6038  DNA ligase, NAD-dependent  63.6 
 
 		 816 aa  841    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0603  NAD-dependent DNA ligase LigA  61.52 
 
 		 731 aa  836    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1217  DNA ligase, NAD-dependent  68.42 
 
 		 711 aa  929    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.554816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08690  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.71 
 
 		 731 aa  922    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05940  DNA ligase, NAD-dependent  50.92 
 
 		 797 aa  662    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1082  DNA ligase, NAD-dependent  63.82 
 
 		 703 aa  834    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.12807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3250  DNA ligase, NAD-dependent  60.15 
 
 		 691 aa  826    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  61.41 
 
 		 706 aa  809    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3563  DNA ligase, NAD-dependent  62.45 
 
 		 722 aa  866    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.413726  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2900  DNA ligase, NAD-dependent  61.14 
 
 		 688 aa  816    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1881  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.54 
 
 		 701 aa  915    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1450  DNA ligase, NAD-dependent  64.77 
 
 		 736 aa  840    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.824351 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2839  NAD-dependent DNA ligase  60.36 
 
 		 732 aa  827    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09780  DNA ligase, NAD-dependent  57.28 
 
 		 770 aa  775    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0919066  normal  0.0297571 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1375  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.26 
 
 		 782 aa  725    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1861  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.54 
 
 		 701 aa  915    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0141215  normal  0.135266 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4248  NAD-dependent DNA ligase LigA  65.44 
 
 		 712 aa  869    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0769437  normal  0.764514 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10480  DNA ligase, NAD-dependent  57.98 
 
 		 871 aa  682    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1109  DNA ligase, NAD-dependent  67.38 
 
 		 710 aa  934    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.822067  normal  0.0130408 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1298  DNA ligase, NAD-dependent  56.72 
 
 		 790 aa  767    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.95995  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  67.65 
 
 		 695 aa  911    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  66.67 
 
 		 696 aa  904    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3440  DNA ligase, NAD-dependent  59.13 
 
 		 752 aa  755    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1716  DNA ligase, NAD-dependent  52.47 
 
 		 798 aa  680    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1927  NAD-dependent DNA ligase LigA  67.54 
 
 		 701 aa  915    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2112  NAD-dependent DNA ligase LigA  65.7 
 
 		 707 aa  893    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1313  DNA ligase, NAD-dependent  55.9 
 
 		 723 aa  778    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  48.34 
 
 		 708 aa  600  1e-170  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  46.22 
 
 		 681 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  45.17 
 
 		 708 aa  562  1e-158  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2404  DNA ligase, NAD-dependent  44.57 
 
 		 830 aa  552  1e-156  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.68364  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  43.73 
 
 		 672 aa  541  9.999999999999999e-153  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  43.74 
 
 		 675 aa  537  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  45.24 
 
 		 672 aa  537  1e-151  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  45.1 
 
 		 683 aa  537  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  42.27 
 
 		 670 aa  532  1e-150  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  42.96 
 
 		 683 aa  533  1e-150  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  43.64 
 
 		 726 aa  530  1e-149  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  45.56 
 
 		 691 aa  530  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  44.46 
 
 		 670 aa  530  1e-149  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04740  DNA ligase, NAD-dependent  45.34 
 
 		 725 aa  531  1e-149  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.113755  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1113  DNA ligase, NAD-dependent  57.88 
 
 		 824 aa  529  1e-149  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.445246  hitchhiker  0.00383916 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1111  DNA ligase, NAD-dependent  43 
 
 		 705 aa  527  1e-148  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.878311  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  45.41 
 
 		 673 aa  528  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  44.38 
 
 		 718 aa  528  1e-148  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.49 
 
 		 670 aa  525  1e-148  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  44.3 
 
 		 691 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 691 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 691 aa  528  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 691 aa  525  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 691 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 691 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 691 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 691 aa  525  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  43.62 
 
 		 671 aa  523  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  43.88 
 
 		 663 aa  522  1e-147  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 691 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  44.64 
 
 		 688 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  44.15 
 
 		 691 aa  525  1e-147  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  44.3 
 
 		 746 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  44.35 
 
 		 688 aa  524  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  44.3 
 
 		 691 aa  525  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  44.3 
 
 		 691 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  44.23 
 
 		 670 aa  520  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  44.98 
 
 		 697 aa  519  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  44.44 
 
 		 691 aa  522  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  44.3 
 
 		 691 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  43.65 
 
 		 677 aa  520  1e-146  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  43.13 
 
 		 673 aa  518  1.0000000000000001e-145  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  43.16 
 
 		 661 aa  516  1.0000000000000001e-145  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.21 
 
 		 670 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  43.52 
 
 		 668 aa  512  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  43.92 
 
 		 712 aa  512  1e-144  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  43.01 
 
 		 668 aa  509  1e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  43.98 
 
 		 671 aa  509  1e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  42.71 
 
 		 674 aa  511  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  43.98 
 
 		 685 aa  509  1e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  43.92 
 
 		 682 aa  511  1e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  43.28 
 
 		 666 aa  508  9.999999999999999e-143  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  42.92 
 
 		 672 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  43.09 
 
 		 684 aa  502  1e-141  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  42.59 
 
 		 711 aa  505  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  42.19 
 
 		 672 aa  502  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  40.18 
 
 		 665 aa  501  1e-140  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.47 
 
 		 676 aa  500  1e-140  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.99 
 
 		 671 aa  500  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  41.65 
 
 		 673 aa  500  1e-140  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  43.41 
 
 		 673 aa  501  1e-140  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  43.11 
 
 		 694 aa  499  1e-140  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.81 
 
 		 669 aa  496  1e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  41.57 
 
 		 670 aa  496  1e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  42.19 
 
 		 674 aa  496  1e-139  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  42.36 
 
 		 671 aa  496  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.13 
 
 		 671 aa  496  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>