More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1442 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  51.81 
 
 		 662 aa  670    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 665 aa  1366    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  49.7 
 
 		 673 aa  664    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  82.5 
 
 		 667 aa  1155    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.54 
 
 		 669 aa  853    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.39 
 
 		 669 aa  851    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.69 
 
 		 652 aa  668    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  48.79 
 
 		 670 aa  642    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.08 
 
 		 669 aa  848    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.39 
 
 		 669 aa  852    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.08 
 
 		 669 aa  849    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.39 
 
 		 669 aa  852    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  48.85 
 
 		 663 aa  642    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  50.45 
 
 		 670 aa  676    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  48.56 
 
 		 663 aa  638    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  61.93 
 
 		 669 aa  848    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  49.24 
 
 		 677 aa  648    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.85 
 
 		 670 aa  815    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.08 
 
 		 669 aa  848    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  50.61 
 
 		 666 aa  656    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  51.28 
 
 		 680 aa  692    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  50.38 
 
 		 659 aa  656    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.26 
 
 		 669 aa  851    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  61.63 
 
 		 670 aa  855    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.39 
 
 		 669 aa  851    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  51.12 
 
 		 684 aa  705    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.24 
 
 		 669 aa  851    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 		 672 aa  678    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0472  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.95 
 
 		 686 aa  649    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  49.32 
 
 		 668 aa  652    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  49.47 
 
 		 680 aa  660    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1513  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.38 
 
 		 648 aa  663    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  82.5 
 
 		 667 aa  1155    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  46.45 
 
 		 691 aa  620  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  47.75 
 
 		 672 aa  620  1e-176  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  46.4 
 
 		 672 aa  616  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  46.61 
 
 		 684 aa  617  1e-175  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  46.6 
 
 		 691 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  46.6 
 
 		 691 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  46.6 
 
 		 691 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  46.6 
 
 		 691 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  46.6 
 
 		 691 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  46.6 
 
 		 691 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  46.6 
 
 		 691 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  46.87 
 
 		 690 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  46.73 
 
 		 746 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  46.88 
 
 		 661 aa  612  9.999999999999999e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  46.73 
 
 		 691 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  46.88 
 
 		 691 aa  611  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  46.58 
 
 		 691 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  46.43 
 
 		 691 aa  608  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  45.98 
 
 		 691 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  44.98 
 
 		 662 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  46.54 
 
 		 683 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  46.13 
 
 		 691 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  46.77 
 
 		 675 aa  608  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.68 
 
 		 670 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  44.44 
 
 		 711 aa  605  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  45.59 
 
 		 681 aa  603  1.0000000000000001e-171  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  45.18 
 
 		 668 aa  603  1.0000000000000001e-171  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  46.29 
 
 		 681 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  46.27 
 
 		 688 aa  601  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  46.27 
 
 		 688 aa  601  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.29 
 
 		 676 aa  598  1e-169  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  46.69 
 
 		 674 aa  598  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  44.69 
 
 		 678 aa  597  1e-169  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  44.9 
 
 		 688 aa  592  1e-168  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  44.9 
 
 		 688 aa  592  1e-168  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  43.28 
 
 		 671 aa  595  1e-168  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  43.62 
 
 		 673 aa  593  1e-168  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  46.14 
 
 		 675 aa  590  1e-167  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  44.65 
 
 		 668 aa  591  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  43.24 
 
 		 670 aa  587  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  44.65 
 
 		 668 aa  588  1e-166  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  43.91 
 
 		 685 aa  586  1e-166  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  44.89 
 
 		 673 aa  585  1e-166  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.28 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.28 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  45.28 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 670 aa  583  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.84 
 
 		 669 aa  583  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  44.63 
 
 		 683 aa  584  1.0000000000000001e-165  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.98 
 
 		 671 aa  585  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  43.1 
 
 		 721 aa  583  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  43.33 
 
 		 673 aa  585  1.0000000000000001e-165  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.56 
 
 		 669 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  45.13 
 
 		 671 aa  582  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.25 
 
 		 671 aa  579  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  44.81 
 
 		 712 aa  580  1e-164  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.13 
 
 		 671 aa  580  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  44 
 
 		 674 aa  582  1e-164  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.51 
 
 		 673 aa  581  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.13 
 
 		 671 aa  582  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  43.85 
 
 		 674 aa  578  1e-164  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.98 
 
 		 671 aa  578  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  43.87 
 
 		 689 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  44.48 
 
 		 691 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  43.87 
 
 		 690 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  45.54 
 
 		 669 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  43.82 
 
 		 684 aa  576  1.0000000000000001e-163  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>