More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0781 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0781  DNA ligase (NAD(+))  100 
 
 		 962 aa  1993    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0066  NAD-dependent DNA ligase  63.22 
 
 		 920 aa  1141    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2404  DNA ligase, NAD-dependent  41.65 
 
 		 830 aa  617  1e-175  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.68364  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1375  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.21 
 
 		 782 aa  615  9.999999999999999e-175  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18930  DNA ligase, NAD-dependent  40.99 
 
 		 871 aa  606  9.999999999999999e-173  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.333136  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10480  DNA ligase, NAD-dependent  54.22 
 
 		 871 aa  604  1.0000000000000001e-171  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1716  DNA ligase, NAD-dependent  43.13 
 
 		 798 aa  600  1e-170  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2112  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.03 
 
 		 707 aa  529  1e-149  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  55.77 
 
 		 696 aa  527  1e-148  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1217  DNA ligase, NAD-dependent  57.82 
 
 		 711 aa  528  1e-148  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.554816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1450  DNA ligase, NAD-dependent  55.53 
 
 		 736 aa  524  1e-147  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.824351 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4248  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.27 
 
 		 712 aa  520  1e-146  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0769437  normal  0.764514 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3250  DNA ligase, NAD-dependent  51.03 
 
 		 691 aa  516  1.0000000000000001e-145  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1109  DNA ligase, NAD-dependent  56.77 
 
 		 710 aa  518  1.0000000000000001e-145  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.822067  normal  0.0130408 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2900  DNA ligase, NAD-dependent  48.9 
 
 		 688 aa  511  1e-143  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09780  DNA ligase, NAD-dependent  54.73 
 
 		 770 aa  511  1e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0919066  normal  0.0297571 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1113  DNA ligase, NAD-dependent  55.49 
 
 		 824 aa  508  9.999999999999999e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.445246  hitchhiker  0.00383916 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6038  DNA ligase, NAD-dependent  49.44 
 
 		 816 aa  503  1e-141  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1881  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.33 
 
 		 701 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1861  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.33 
 
 		 701 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0141215  normal  0.135266 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1927  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.33 
 
 		 701 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913001  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2839  NAD-dependent DNA ligase  51.73 
 
 		 732 aa  502  1e-140  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13029  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.28 
 
 		 691 aa  502  1e-140  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00166162  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08690  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.6 
 
 		 731 aa  498  1e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3563  DNA ligase, NAD-dependent  53.62 
 
 		 722 aa  496  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.413726  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8077  DNA ligase (NAD(+))  52.07 
 
 		 726 aa  492  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.206644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1342  DNA ligase, NAD-dependent  49.81 
 
 		 770 aa  491  1e-137  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000259752 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05940  DNA ligase, NAD-dependent  53.25 
 
 		 797 aa  492  1e-137  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1313  DNA ligase, NAD-dependent  52.82 
 
 		 723 aa  492  1e-137  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1298  DNA ligase, NAD-dependent  48.81 
 
 		 790 aa  489  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.95995  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  52.73 
 
 		 695 aa  489  1e-136  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0160  DNA ligase, NAD-dependent  54.55 
 
 		 775 aa  485  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4086  DNA ligase, NAD-dependent  51.56 
 
 		 716 aa  478  1e-133  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2365  DNA ligase NAD-dependent  49.07 
 
 		 749 aa  479  1e-133  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1082  DNA ligase, NAD-dependent  52.33 
 
 		 703 aa  475  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.12807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  53.28 
 
 		 706 aa  467  9.999999999999999e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3440  DNA ligase, NAD-dependent  54.89 
 
 		 752 aa  467  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0603  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.48 
 
 		 731 aa  462  9.999999999999999e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  48.48 
 
 		 685 aa  401  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  45.02 
 
 		 712 aa  396  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  46.32 
 
 		 681 aa  396  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.26 
 
 		 670 aa  395  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  46.05 
 
 		 708 aa  395  1e-108  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  45.77 
 
 		 718 aa  391  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1111  DNA ligase, NAD-dependent  46.07 
 
 		 705 aa  392  1e-107  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.878311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.84 
 
 		 670 aa  392  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  45.91 
 
 		 677 aa  390  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.84 
 
 		 670 aa  392  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 672 aa  388  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.88 
 
 		 684 aa  388  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  45.93 
 
 		 708 aa  387  1e-106  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  44.42 
 
 		 668 aa  387  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.24 
 
 		 669 aa  388  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  45.61 
 
 		 726 aa  389  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  47.02 
 
 		 691 aa  389  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.73 
 
 		 671 aa  385  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.4 
 
 		 681 aa  385  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.61 
 
 		 681 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04740  DNA ligase, NAD-dependent  46.59 
 
 		 725 aa  383  1e-105  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.113755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.73 
 
 		 671 aa  385  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.17 
 
 		 671 aa  386  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.17 
 
 		 671 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.17 
 
 		 671 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  44.74 
 
 		 700 aa  384  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  42.74 
 
 		 690 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.51 
 
 		 671 aa  383  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  45.73 
 
 		 671 aa  385  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.95 
 
 		 671 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.17 
 
 		 671 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  45.51 
 
 		 671 aa  383  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  45.01 
 
 		 663 aa  380  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  44.27 
 
 		 673 aa  383  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.14 
 
 		 673 aa  381  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  43.62 
 
 		 699 aa  381  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  45.68 
 
 		 711 aa  382  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.51 
 
 		 671 aa  383  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  46.93 
 
 		 673 aa  381  1e-104  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.3 
 
 		 671 aa  380  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.51 
 
 		 671 aa  383  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  44.21 
 
 		 668 aa  382  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.61 
 
 		 671 aa  379  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  42.34 
 
 		 689 aa  379  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.69 
 
 		 670 aa  376  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  46.71 
 
 		 670 aa  379  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.6 
 
 		 682 aa  379  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  42.54 
 
 		 690 aa  379  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  42.17 
 
 		 685 aa  378  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  43.58 
 
 		 683 aa  379  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  42.34 
 
 		 691 aa  379  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  42.71 
 
 		 670 aa  375  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0801  DNA ligase, NAD-dependent  43.96 
 
 		 678 aa  374  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  41.97 
 
 		 685 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  42.89 
 
 		 671 aa  373  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  43.49 
 
 		 672 aa  374  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  41.97 
 
 		 685 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  47.02 
 
 		 675 aa  376  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  45.8 
 
 		 672 aa  376  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  43.85 
 
 		 681 aa  375  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  41.97 
 
 		 685 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.33 
 
 		 669 aa  373  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>