More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1559 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5111  DNA ligase, NAD-dependent  52.03 
 
 		 695 aa  702    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246917  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  50.61 
 
 		 669 aa  686    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  56.13 
 
 		 670 aa  761    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 662 aa  1370    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  67.63 
 
 		 664 aa  926    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  49.77 
 
 		 670 aa  707    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  49.28 
 
 		 696 aa  681    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  47.97 
 
 		 671 aa  646    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  68.24 
 
 		 668 aa  953    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  45.55 
 
 		 667 aa  607  9.999999999999999e-173  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  46.13 
 
 		 675 aa  596  1e-169  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.97 
 
 		 670 aa  598  1e-169  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  45.92 
 
 		 672 aa  597  1e-169  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  45.92 
 
 		 670 aa  587  1e-166  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.84 
 
 		 676 aa  585  1.0000000000000001e-165  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.65 
 
 		 670 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  43.79 
 
 		 676 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  44.87 
 
 		 684 aa  579  1e-164  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  44.69 
 
 		 678 aa  577  1.0000000000000001e-163  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  44.18 
 
 		 674 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  44.19 
 
 		 671 aa  575  1.0000000000000001e-162  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  44.19 
 
 		 671 aa  575  1.0000000000000001e-162  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.39 
 
 		 669 aa  571  1e-161  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  42.84 
 
 		 689 aa  569  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  44.56 
 
 		 677 aa  571  1e-161  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.23 
 
 		 669 aa  568  1e-161  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.39 
 
 		 669 aa  570  1e-161  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.39 
 
 		 669 aa  570  1e-161  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  44.65 
 
 		 670 aa  569  1e-161  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  43.68 
 
 		 673 aa  570  1e-161  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.93 
 
 		 669 aa  568  1e-161  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.23 
 
 		 669 aa  568  1e-161  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  42.53 
 
 		 690 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  42.68 
 
 		 690 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.23 
 
 		 669 aa  569  1e-161  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  42.68 
 
 		 691 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.08 
 
 		 669 aa  568  1e-160  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  43.05 
 
 		 711 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  43.94 
 
 		 678 aa  565  1e-160  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.93 
 
 		 673 aa  566  1e-160  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.08 
 
 		 669 aa  568  1e-160  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.93 
 
 		 669 aa  565  1e-160  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.71 
 
 		 669 aa  565  1e-160  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  45.26 
 
 		 673 aa  565  1.0000000000000001e-159  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.53 
 
 		 671 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  41.61 
 
 		 711 aa  561  1e-158  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  42.03 
 
 		 668 aa  561  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  42.53 
 
 		 671 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  42.3 
 
 		 685 aa  560  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.53 
 
 		 671 aa  558  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  42.38 
 
 		 671 aa  557  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.49 
 
 		 671 aa  557  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 688 aa  556  1e-157  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  42.62 
 
 		 669 aa  555  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  44.34 
 
 		 662 aa  557  1e-157  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.8 
 
 		 679 aa  556  1e-157  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.38 
 
 		 671 aa  557  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 688 aa  556  1e-157  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  44.04 
 
 		 672 aa  557  1e-157  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  44.43 
 
 		 681 aa  558  1e-157  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  44.75 
 
 		 674 aa  558  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  42.41 
 
 		 670 aa  553  1e-156  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.69 
 
 		 669 aa  553  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  41.95 
 
 		 685 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  43.67 
 
 		 662 aa  553  1e-156  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 674 aa  553  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  41.95 
 
 		 685 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.23 
 
 		 671 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.23 
 
 		 671 aa  555  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  42.99 
 
 		 659 aa  549  1e-155  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  41.79 
 
 		 685 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  42.47 
 
 		 671 aa  550  1e-155  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  42.88 
 
 		 675 aa  551  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.74 
 
 		 671 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.08 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  44.39 
 
 		 663 aa  551  1e-155  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  42.23 
 
 		 683 aa  550  1e-155  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  42.21 
 
 		 673 aa  550  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  43.37 
 
 		 672 aa  550  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  43.05 
 
 		 665 aa  547  1e-154  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  42.49 
 
 		 673 aa  547  1e-154  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.74 
 
 		 671 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  43.59 
 
 		 671 aa  548  1e-154  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.24 
 
 		 669 aa  548  1e-154  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.74 
 
 		 671 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.74 
 
 		 671 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  44.31 
 
 		 684 aa  546  1e-154  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.52 
 
 		 670 aa  548  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  42.08 
 
 		 670 aa  548  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.59 
 
 		 671 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  42.34 
 
 		 673 aa  545  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.45 
 
 		 670 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  42.86 
 
 		 675 aa  545  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.67 
 
 		 680 aa  542  1e-153  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  43.45 
 
 		 708 aa  543  1e-153  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.45 
 
 		 670 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  42.52 
 
 		 684 aa  540  9.999999999999999e-153  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.49 
 
 		 684 aa  541  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  41.92 
 
 		 674 aa  541  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  41.82 
 
 		 670 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>