More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5111 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  50.29 
 
 		 668 aa  690    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5111  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 695 aa  1431    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246917  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  60.17 
 
 		 696 aa  879    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  48.14 
 
 		 671 aa  665    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  52.03 
 
 		 662 aa  702    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  48.77 
 
 		 664 aa  653    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  54.51 
 
 		 670 aa  778    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  53.76 
 
 		 670 aa  731    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  47.32 
 
 		 669 aa  626  1e-178  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.97 
 
 		 670 aa  565  1e-160  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.52 
 
 		 670 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  43.83 
 
 		 670 aa  560  1e-158  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  43 
 
 		 672 aa  542  1e-153  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  42.12 
 
 		 667 aa  544  1e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  41.5 
 
 		 689 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  43 
 
 		 681 aa  540  9.999999999999999e-153  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  41.26 
 
 		 690 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  42.41 
 
 		 674 aa  538  1e-151  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  41.12 
 
 		 690 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  41.18 
 
 		 691 aa  535  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  40.75 
 
 		 685 aa  531  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.34 
 
 		 671 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.11 
 
 		 676 aa  526  1e-148  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  43.37 
 
 		 662 aa  526  1e-148  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.2 
 
 		 671 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  39.2 
 
 		 671 aa  523  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  39.2 
 
 		 671 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  42.28 
 
 		 663 aa  525  1e-147  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.2 
 
 		 671 aa  522  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.2 
 
 		 671 aa  522  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.51 
 
 		 679 aa  523  1e-147  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  42.49 
 
 		 672 aa  523  1e-147  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.2 
 
 		 671 aa  523  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.2 
 
 		 671 aa  523  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  40.99 
 
 		 676 aa  523  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.39 
 
 		 670 aa  523  1e-147  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 669 aa  519  1e-146  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 669 aa  520  1e-146  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 669 aa  521  1e-146  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.8 
 
 		 669 aa  519  1e-146  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  39.34 
 
 		 668 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  40.95 
 
 		 678 aa  520  1e-146  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 669 aa  520  1e-146  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 669 aa  521  1e-146  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.39 
 
 		 670 aa  520  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  40.32 
 
 		 690 aa  521  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 669 aa  520  1e-146  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  41.71 
 
 		 684 aa  520  1e-146  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.39 
 
 		 670 aa  520  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  42.36 
 
 		 677 aa  521  1e-146  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  41.5 
 
 		 668 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  39.94 
 
 		 685 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  41.87 
 
 		 663 aa  517  1.0000000000000001e-145  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.65 
 
 		 669 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  40.86 
 
 		 691 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  40.95 
 
 		 683 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.8 
 
 		 669 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  40.61 
 
 		 670 aa  514  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  39.51 
 
 		 685 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.89 
 
 		 671 aa  512  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  41.67 
 
 		 673 aa  514  1e-144  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.09 
 
 		 671 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.51 
 
 		 669 aa  513  1e-144  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  42.14 
 
 		 673 aa  513  1e-144  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  41.87 
 
 		 672 aa  514  1e-144  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.89 
 
 		 671 aa  512  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  40.35 
 
 		 675 aa  509  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  41.07 
 
 		 668 aa  510  1e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.26 
 
 		 669 aa  511  1e-143  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  39.51 
 
 		 685 aa  511  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  41.13 
 
 		 669 aa  510  1e-143  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.94 
 
 		 671 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.89 
 
 		 671 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  39.37 
 
 		 681 aa  509  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  41.34 
 
 		 678 aa  510  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  41.97 
 
 		 688 aa  508  9.999999999999999e-143  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  42.32 
 
 		 675 aa  508  9.999999999999999e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  40.09 
 
 		 674 aa  506  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.88 
 
 		 670 aa  508  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  39.45 
 
 		 673 aa  506  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  38.33 
 
 		 670 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  41.97 
 
 		 688 aa  508  9.999999999999999e-143  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  38.94 
 
 		 669 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  40.76 
 
 		 674 aa  505  1e-141  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.11 
 
 		 671 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  40.76 
 
 		 674 aa  504  1e-141  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2316  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.32 
 
 		 774 aa  502  1e-141  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.444372  normal  0.080689 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  39.32 
 
 		 684 aa  503  1e-141  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.48 
 
 		 673 aa  500  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  39.42 
 
 		 671 aa  499  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.59 
 
 		 681 aa  502  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  40.67 
 
 		 673 aa  502  1e-140  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  40.35 
 
 		 671 aa  497  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  38.84 
 
 		 726 aa  498  1e-139  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  41.51 
 
 		 670 aa  497  1e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  38.77 
 
 		 706 aa  496  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  38.18 
 
 		 670 aa  496  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.16 
 
 		 681 aa  497  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  38.11 
 
 		 669 aa  497  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  39.39 
 
 		 673 aa  494  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>