More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0483 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  60.71 
 
 		 684 aa  832    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  62.33 
 
 		 675 aa  850    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  70.06 
 
 		 673 aa  965    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  70.18 
 
 		 677 aa  922    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  73.81 
 
 		 667 aa  1018    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 674 aa  1373    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  69.97 
 
 		 676 aa  988    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  44.93 
 
 		 670 aa  585  1e-166  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  45.83 
 
 		 672 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  45.47 
 
 		 670 aa  584  1.0000000000000001e-165  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  45.02 
 
 		 681 aa  573  1.0000000000000001e-162  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  44.18 
 
 		 662 aa  575  1.0000000000000001e-162  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  45.28 
 
 		 659 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  43.8 
 
 		 670 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.01 
 
 		 670 aa  569  1e-161  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  42.73 
 
 		 670 aa  571  1e-161  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  45.73 
 
 		 672 aa  566  1e-160  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  45.16 
 
 		 670 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  45.29 
 
 		 663 aa  563  1.0000000000000001e-159  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  42.6 
 
 		 673 aa  561  1e-158  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  44.25 
 
 		 662 aa  559  1e-158  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  44.64 
 
 		 677 aa  558  1e-157  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  45.5 
 
 		 673 aa  555  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  42.28 
 
 		 696 aa  553  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.3 
 
 		 676 aa  551  1e-155  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  44.64 
 
 		 697 aa  550  1e-155  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  45.09 
 
 		 675 aa  546  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.09 
 
 		 679 aa  548  1e-154  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  42.6 
 
 		 663 aa  547  1e-154  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  44.06 
 
 		 674 aa  547  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 		 669 aa  542  1e-153  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.22 
 
 		 669 aa  544  1e-153  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  43.73 
 
 		 711 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  44.06 
 
 		 683 aa  545  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  45.31 
 
 		 671 aa  543  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.18 
 
 		 669 aa  543  1e-153  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  44.53 
 
 		 672 aa  543  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  43.38 
 
 		 671 aa  542  1e-153  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.22 
 
 		 669 aa  543  1e-153  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.94 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  43.63 
 
 		 689 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  42.86 
 
 		 678 aa  538  9.999999999999999e-153  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.92 
 
 		 669 aa  539  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.54 
 
 		 671 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 		 669 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.44 
 
 		 670 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  42.69 
 
 		 684 aa  541  9.999999999999999e-153  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.52 
 
 		 671 aa  538  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  43.43 
 
 		 671 aa  538  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  42.96 
 
 		 669 aa  536  1e-151  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.37 
 
 		 671 aa  535  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0676  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.89 
 
 		 738 aa  537  1e-151  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.759983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.43 
 
 		 671 aa  538  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.43 
 
 		 671 aa  538  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  43.52 
 
 		 671 aa  538  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.77 
 
 		 669 aa  537  1e-151  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5111  DNA ligase, NAD-dependent  42.41 
 
 		 695 aa  538  1e-151  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246917  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  43.48 
 
 		 690 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  42.69 
 
 		 685 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.52 
 
 		 671 aa  538  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0894  DNA ligase, NAD-dependent  42.81 
 
 		 700 aa  534  1e-150  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  43.43 
 
 		 671 aa  532  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.96 
 
 		 669 aa  532  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  43.33 
 
 		 690 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  44.23 
 
 		 694 aa  533  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  43.23 
 
 		 684 aa  530  1e-149  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 		 670 aa  531  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  42.6 
 
 		 685 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  42.03 
 
 		 668 aa  531  1e-149  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  42.94 
 
 		 704 aa  530  1e-149  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  43.18 
 
 		 690 aa  531  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  43.64 
 
 		 673 aa  531  1e-149  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  42.5 
 
 		 681 aa  530  1e-149  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  44.63 
 
 		 693 aa  531  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  43.96 
 
 		 661 aa  529  1e-149  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 691 aa  531  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.32 
 
 		 670 aa  527  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.23 
 
 		 684 aa  527  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  42.39 
 
 		 685 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  44.26 
 
 		 683 aa  526  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.82 
 
 		 680 aa  528  1e-148  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.32 
 
 		 673 aa  528  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  43.64 
 
 		 666 aa  528  1e-148  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.2 
 
 		 671 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.2 
 
 		 671 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.2 
 
 		 671 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  42.54 
 
 		 685 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  42.59 
 
 		 721 aa  526  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  43.09 
 
 		 681 aa  528  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.2 
 
 		 671 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.32 
 
 		 670 aa  525  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.32 
 
 		 670 aa  527  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.73 
 
 		 669 aa  528  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.96 
 
 		 671 aa  528  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.2 
 
 		 671 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  43.7 
 
 		 668 aa  525  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  41.73 
 
 		 708 aa  524  1e-147  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>