More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1253 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 669 aa  1370    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  47.35 
 
 		 668 aa  649    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  49.85 
 
 		 670 aa  667    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  50.15 
 
 		 664 aa  655    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  49.62 
 
 		 670 aa  669    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  50.61 
 
 		 662 aa  686    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5111  DNA ligase, NAD-dependent  47.32 
 
 		 695 aa  626  1e-178  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246917  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  45.38 
 
 		 696 aa  618  1e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  44.41 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.16 
 
 		 676 aa  568  1e-160  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  46.36 
 
 		 672 aa  565  1e-160  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  45.1 
 
 		 681 aa  564  1.0000000000000001e-159  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  44.34 
 
 		 670 aa  560  1e-158  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.2 
 
 		 670 aa  561  1e-158  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  45.3 
 
 		 672 aa  561  1e-158  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  42.99 
 
 		 678 aa  549  1e-155  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.96 
 
 		 679 aa  549  1e-155  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  43.33 
 
 		 662 aa  550  1e-155  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.48 
 
 		 670 aa  545  1e-153  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  44.11 
 
 		 684 aa  545  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  42.32 
 
 		 667 aa  542  1e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0894  DNA ligase, NAD-dependent  43.61 
 
 		 700 aa  542  1e-153  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.77 
 
 		 671 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  42.62 
 
 		 671 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.77 
 
 		 671 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  42.77 
 
 		 671 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  43.48 
 
 		 673 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  42.64 
 
 		 674 aa  541  9.999999999999999e-153  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.62 
 
 		 671 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  42.66 
 
 		 663 aa  539  9.999999999999999e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  42.33 
 
 		 674 aa  538  1e-151  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.47 
 
 		 671 aa  537  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.47 
 
 		 671 aa  537  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  42.96 
 
 		 674 aa  536  1e-151  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.47 
 
 		 671 aa  538  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  42.45 
 
 		 691 aa  537  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  43.24 
 
 		 708 aa  537  1e-151  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  42.45 
 
 		 689 aa  533  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0676  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.11 
 
 		 738 aa  534  1e-150  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.759983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0712  DNA ligase, NAD-dependent  40.39 
 
 		 668 aa  535  1e-150  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  41.94 
 
 		 684 aa  534  1e-150  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  43.03 
 
 		 673 aa  532  1e-150  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  44.49 
 
 		 688 aa  533  1e-150  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  42.38 
 
 		 663 aa  533  1e-150  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  41.99 
 
 		 690 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  44.49 
 
 		 688 aa  533  1e-150  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.96 
 
 		 669 aa  534  1e-150  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.81 
 
 		 669 aa  530  1e-149  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.81 
 
 		 669 aa  531  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.81 
 
 		 669 aa  531  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  44.13 
 
 		 675 aa  530  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.07 
 
 		 671 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  43.07 
 
 		 662 aa  531  1e-149  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.81 
 
 		 669 aa  530  1e-149  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.81 
 
 		 669 aa  530  1e-149  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  42 
 
 		 671 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  42 
 
 		 671 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  44.1 
 
 		 673 aa  531  1e-149  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.81 
 
 		 669 aa  529  1e-149  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.16 
 
 		 673 aa  531  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  41.84 
 
 		 690 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  42.32 
 
 		 673 aa  529  1e-149  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.66 
 
 		 669 aa  529  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.92 
 
 		 671 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.83 
 
 		 671 aa  530  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.07 
 
 		 670 aa  528  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.66 
 
 		 669 aa  526  1e-148  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.66 
 
 		 669 aa  527  1e-148  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.77 
 
 		 671 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.78 
 
 		 670 aa  525  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  42.11 
 
 		 670 aa  526  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  41.32 
 
 		 668 aa  526  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.2 
 
 		 669 aa  526  1e-148  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.78 
 
 		 670 aa  525  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  43.55 
 
 		 677 aa  526  1e-148  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  42.02 
 
 		 669 aa  524  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2316  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.26 
 
 		 774 aa  523  1e-147  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.444372  normal  0.080689 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  42.28 
 
 		 676 aa  522  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.42 
 
 		 684 aa  521  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  42.63 
 
 		 708 aa  521  1e-146  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  41.55 
 
 		 685 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.51 
 
 		 681 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.54 
 
 		 681 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.07 
 
 		 680 aa  518  1.0000000000000001e-145  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  41.03 
 
 		 670 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  41.45 
 
 		 685 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  41.55 
 
 		 685 aa  515  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0004  DNA ligase, NAD-dependent  43.13 
 
 		 675 aa  515  1e-144  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  42.92 
 
 		 684 aa  514  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  41.7 
 
 		 704 aa  513  1e-144  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  41.4 
 
 		 685 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.33 
 
 		 669 aa  510  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  40 
 
 		 675 aa  511  1e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29061  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.21 
 
 		 696 aa  509  1e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  40.24 
 
 		 670 aa  509  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.18 
 
 		 673 aa  509  1e-143  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  41.75 
 
 		 681 aa  511  1e-143  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  42.66 
 
 		 659 aa  510  1e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  42.27 
 
 		 706 aa  508  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  40.42 
 
 		 673 aa  506  9.999999999999999e-143  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>