127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3125 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3125  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 202 aa  398  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.328687  normal  0.85949 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1793  TetR family transcriptional regulator  65.52 
 
 		 216 aa  217  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7540  putative transcriptional regulator, TetR family  55.37 
 
 		 197 aa  171  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.739082 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0468  putative transcriptional regulator, TetR family  48.54 
 
 		 319 aa  129  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1597  putative transcriptional regulator, TetR family  43.93 
 
 		 174 aa  102  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5079  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.925622 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2709  regulatory protein TetR  28.82 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3147  regulatory protein TetR  31.71 
 
 		 183 aa  58.5  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1278  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.190846  normal  0.885926 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2085  regulatory protein TetR  37.36 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4461  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0983  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1001  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1011  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.632644 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 204 aa  52  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7073  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 248 aa  52  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.672487  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 222 aa  51.6  0.000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3766  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 237 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  32.23 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10695  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 218 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  27.01 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 208 aa  49.7  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 248 aa  48.5  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 235 aa  47.4  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0302  putative transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.475945  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4730  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 182 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 333 aa  47.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2082  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 307 aa  47  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5145  putative transcriptional regulator  28.71 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.733226  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 263 aa  46.2  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 295 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5283  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 184 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.729406  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5140  transcriptional regulator, putative  27.72 
 
 		 185 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  33.85 
 
 		 190 aa  45.8  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 283 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 212 aa  45.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 		 216 aa  45.8  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1952  regulatory protein TetR  47.06 
 
 		 241 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5623  putative transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 180 aa  45.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.118423  normal  0.282365 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 204 aa  45.1  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 259 aa  45.4  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21120  transcriptional regulator  31.63 
 
 		 203 aa  45.4  0.0006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  26.01 
 
 		 201 aa  45.4  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 231 aa  45.1  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4831  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 185 aa  45.1  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  28 
 
 		 196 aa  45.1  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 225 aa  45.1  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4715  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 185 aa  43.9  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 207 aa  43.9  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5151  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.687993  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5113  putative transcriptional regulator  27.72 
 
 		 182 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19490  transcriptional regulator, tetR family  33.77 
 
 		 168 aa  44.7  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1142  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.759817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2788  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 191 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  20.11 
 
 		 204 aa  43.5  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4873  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 182 aa  43.5  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5244  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 182 aa  43.5  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0060  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 247 aa  43.5  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 234 aa  43.5  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0569  nucleoid occlusion protein  25.69 
 
 		 214 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 217 aa  43.5  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 232 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10720  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.676593 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0589  nucleoid occlusion protein  25.69 
 
 		 214 aa  43.1  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.45381  normal  0.299357 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 257 aa  43.1  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01438  hypothetical protein  20 
 
 		 196 aa  42.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0043  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 244 aa  43.1  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.343495  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 195 aa  43.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 223 aa  43.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 198 aa  43.1  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1117  nucleoid occlusion protein  24.18 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.862438  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4602  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 219 aa  42.7  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.904797 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0930  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 194 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 211 aa  42.7  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0777  nucleoid occlusion protein  25.98 
 
 		 217 aa  42.7  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0827  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 200 aa  42.4  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 		 253 aa  42.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004024  transcriptional regulator  19.77 
 
 		 196 aa  42.4  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000690924  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 219 aa  42.4  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0701  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 261 aa  42.4  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.684816  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 215 aa  42.4  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5555  putative transcriptional regulator, TetR family  27.19 
 
 		 260 aa  42.4  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.438645 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 194 aa  42.4  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2604  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 195 aa  42.4  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3042  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 202 aa  42.4  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.578311 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  40.58 
 
 		 235 aa  42.4  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>