More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2130 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
530 aa  1087    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2296  GGDEF domain-containing protein  50.75 
 
 
529 aa  542  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  27.73 
 
 
451 aa  138  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0967  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.33 
 
 
1004 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.79 
 
 
710 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.58 
 
 
780 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.98 
 
 
951 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.35 
 
 
921 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.600674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.35 
 
 
921 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.35 
 
 
921 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227976  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001930  sensory box/GGDEF family protein  25.52 
 
 
815 aa  117  6.9999999999999995e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.97 
 
 
1012 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.29 
 
 
1015 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.93 
 
 
921 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
355 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3389  sensory box protein  24.49 
 
 
879 aa  114  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  24.51 
 
 
815 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2216  sensory box protein  38.67 
 
 
752 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.26 
 
 
878 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0378  sensory box protein  29.14 
 
 
1491 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0214422 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  42.35 
 
 
355 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1160  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.26 
 
 
878 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.58 
 
 
699 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.88 
 
 
707 aa  108  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.57 
 
 
752 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061806  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.26 
 
 
878 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.29 
 
 
716 aa  108  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.71 
 
 
881 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.702942  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.24 
 
 
952 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.79 
 
 
905 aa  107  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2206  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.02 
 
 
752 aa  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281501  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 
809 aa  107  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29 
 
 
699 aa  107  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 
531 aa  106  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.14 
 
 
971 aa  106  8e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  28.23 
 
 
1245 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  25.75 
 
 
828 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3867  diguanylate cyclase  27.71 
 
 
700 aa  106  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.61 
 
 
698 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.97 
 
 
749 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.62 
 
 
1036 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.12 
 
 
578 aa  105  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.54 
 
 
1244 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.98 
 
 
321 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  29 
 
 
503 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2405  sensory box protein  25.3 
 
 
751 aa  104  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.547326  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.36 
 
 
749 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00930711  normal  0.870348 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.34 
 
 
1040 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0842  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.42 
 
 
817 aa  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.17 
 
 
906 aa  103  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  25.7 
 
 
976 aa  103  9e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.69 
 
 
1447 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.15537 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3317  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.64 
 
 
889 aa  103  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4570  hypothetical protein  36.81 
 
 
749 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.67 
 
 
752 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.39 
 
 
872 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.81 
 
 
749 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1389  GGDEF domain-containing protein  24.52 
 
 
888 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.109135  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1740  GGDEF domain-containing protein  28.13 
 
 
763 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039101  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  25.83 
 
 
1006 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
312 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
632 aa  102  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.18 
 
 
996 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1900  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.4 
 
 
405 aa  101  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.56282  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.51 
 
 
673 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.58 
 
 
550 aa  101  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.77 
 
 
730 aa  102  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.81 
 
 
749 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  27.71 
 
 
1245 aa  101  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  29.61 
 
 
829 aa  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0873  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.67 
 
 
583 aa  101  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.98 
 
 
624 aa  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 
749 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  25.47 
 
 
976 aa  100  5e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1791  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.78 
 
 
757 aa  100  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.04 
 
 
700 aa  100  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.615666 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.07 
 
 
809 aa  100  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.28 
 
 
1247 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.22 
 
 
1036 aa  100  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 
381 aa  100  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.52 
 
 
415 aa  100  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.1 
 
 
785 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  34.22 
 
 
715 aa  99.8  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0451  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.24 
 
 
844 aa  99.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.323465 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.71 
 
 
903 aa  99.4  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.517647  normal  0.583214 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  32.34 
 
 
642 aa  99.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  38.04 
 
 
650 aa  99  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.87 
 
 
1027 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  36.73 
 
 
476 aa  99  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.38 
 
 
309 aa  99  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  36.52 
 
 
329 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.14 
 
 
1275 aa  99.4  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  41.98 
 
 
673 aa  99  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32 
 
 
1114 aa  99  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  38.01 
 
 
184 aa  99  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.35 
 
 
801 aa  99  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  38.15 
 
 
381 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  34.66 
 
 
576 aa  98.6  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
1038 aa  98.2  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5122  RNase II stability modulator  38.59 
 
 
667 aa  98.2  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0232161 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>