More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6581 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  100 
 
 		 314 aa  619  1e-176  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  66.04 
 
 		 273 aa  323  3e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  62.18 
 
 		 282 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  63 
 
 		 284 aa  310  2.9999999999999997e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  61.89 
 
 		 274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  59.04 
 
 		 300 aa  304  1.0000000000000001e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  54.21 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  54.21 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  54.21 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  57.44 
 
 		 291 aa  295  7e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  56.88 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  61.36 
 
 		 275 aa  285  7e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  61.42 
 
 		 288 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  60.63 
 
 		 296 aa  279  4e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  58.58 
 
 		 294 aa  277  1e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  54.48 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  60.22 
 
 		 276 aa  277  2e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  59.02 
 
 		 279 aa  276  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  58.11 
 
 		 268 aa  276  4e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  61.26 
 
 		 276 aa  271  9e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  52.76 
 
 		 300 aa  268  8e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  52.15 
 
 		 299 aa  265  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  56.18 
 
 		 286 aa  257  2e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  54.26 
 
 		 293 aa  255  8e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  54.58 
 
 		 297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  53.07 
 
 		 305 aa  252  5.000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  52.9 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  54.96 
 
 		 306 aa  248  7e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  52.19 
 
 		 346 aa  246  4.9999999999999997e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  49.29 
 
 		 287 aa  235  7e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  47.31 
 
 		 280 aa  227  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  45.58 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  57.37 
 
 		 360 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  48.2 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  54.55 
 
 		 252 aa  196  4.0000000000000005e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  40.47 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  40.39 
 
 		 259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 259 aa  159  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  42.5 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  39.38 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  39.38 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 269 aa  155  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  39.31 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 245 aa  153  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  36.74 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 261 aa  152  7e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 251 aa  152  8e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 251 aa  152  8e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 285 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  40.78 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 255 aa  150  4e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 270 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 284 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 248 aa  147  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 250 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 247 aa  147  3e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 245 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  37.59 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 		 251 aa  147  3e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  40.39 
 
 		 245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  34.63 
 
 		 284 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 274 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 272 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 264 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 288 aa  146  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  34.4 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  34.4 
 
 		 261 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 259 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 286 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  34.4 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 251 aa  145  9e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>