More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0615 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 310 aa  617  1e-175  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  60.64 
 
 		 287 aa  333  3e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  60.54 
 
 		 293 aa  331  1e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 286 aa  286  4e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  56.94 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  52.63 
 
 		 297 aa  271  1e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  54.48 
 
 		 346 aa  269  4e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  56.13 
 
 		 296 aa  263  3e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  54.55 
 
 		 279 aa  262  6e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  52.17 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  50.88 
 
 		 280 aa  253  3e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  46.51 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  52.48 
 
 		 268 aa  246  3e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  52.25 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  44.59 
 
 		 305 aa  239  5e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  52.94 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  50.18 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  49.82 
 
 		 288 aa  231  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  49.47 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  49.47 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  49.12 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  52.42 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  48.04 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  49.64 
 
 		 275 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  46.69 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  46.21 
 
 		 273 aa  213  3.9999999999999995e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  48.75 
 
 		 282 aa  211  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  46.18 
 
 		 291 aa  210  2e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  45.94 
 
 		 284 aa  209  5e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  48.07 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  54.85 
 
 		 252 aa  204  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  45.68 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  48.58 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  44.8 
 
 		 276 aa  185  9e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  46.18 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  47.69 
 
 		 360 aa  165  8e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  37.79 
 
 		 267 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.26 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 270 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.09 
 
 		 248 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  38.18 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 274 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.98 
 
 		 246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.6 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  36.17 
 
 		 278 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 263 aa  146  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  35.85 
 
 		 270 aa  145  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  35.85 
 
 		 270 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  35.85 
 
 		 270 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.6 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  35.85 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  36.6 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  36.98 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  36.6 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  36.98 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  36.6 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  36.98 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  36.98 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  36.98 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 257 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  31.8 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  36.6 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 332 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 285 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 255 aa  143  4e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  37.36 
 
 		 260 aa  142  6e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 262 aa  142  8e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  38.81 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  32.44 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 252 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.72 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  39.85 
 
 		 266 aa  141  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  35.85 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.5 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 247 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.46 
 
 		 250 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  34.09 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  34.06 
 
 		 260 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  33.83 
 
 		 261 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  37.17 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>