More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2717 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 287 aa  592  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  83.09 
 
 		 288 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  79.93 
 
 		 285 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  78.87 
 
 		 285 aa  461  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  75 
 
 		 286 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  73.59 
 
 		 284 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  73.91 
 
 		 284 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  74.48 
 
 		 332 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  74.36 
 
 		 274 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  73.63 
 
 		 274 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  55 
 
 		 274 aa  312  3.9999999999999997e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  56.7 
 
 		 263 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  56.7 
 
 		 283 aa  301  6.000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 262 aa  297  1e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 262 aa  297  2e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 261 aa  295  5e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  58.73 
 
 		 259 aa  295  8e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  53.64 
 
 		 270 aa  293  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  54.02 
 
 		 270 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  54.02 
 
 		 270 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  54.02 
 
 		 270 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  54.02 
 
 		 270 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  54.02 
 
 		 270 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  56.32 
 
 		 283 aa  292  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  53.64 
 
 		 270 aa  292  4e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  56.32 
 
 		 275 aa  291  6e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  52.87 
 
 		 261 aa  291  6e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  54.23 
 
 		 261 aa  292  6e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  54.23 
 
 		 261 aa  291  6e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  52.87 
 
 		 261 aa  291  6e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 264 aa  291  7e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  54.23 
 
 		 261 aa  291  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  53.26 
 
 		 270 aa  291  8e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  53.26 
 
 		 270 aa  291  8e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  53.26 
 
 		 270 aa  291  8e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  55 
 
 		 264 aa  290  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  55 
 
 		 261 aa  290  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  50.36 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  53.26 
 
 		 270 aa  290  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  53.26 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  53.26 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  53.26 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  53.26 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  55.77 
 
 		 269 aa  289  3e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  54.23 
 
 		 273 aa  289  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 264 aa  287  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  53.46 
 
 		 261 aa  287  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 261 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 276 aa  287  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 		 293 aa  286  2.9999999999999996e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 		 293 aa  286  2.9999999999999996e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  51.15 
 
 		 261 aa  286  4e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  54.23 
 
 		 261 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 		 264 aa  285  5.999999999999999e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  53.46 
 
 		 261 aa  285  8e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  53.46 
 
 		 261 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  53.46 
 
 		 261 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  53.46 
 
 		 261 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  53.54 
 
 		 262 aa  281  7.000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  54.83 
 
 		 259 aa  281  9e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  52.69 
 
 		 261 aa  280  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  55 
 
 		 264 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  52.31 
 
 		 262 aa  277  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  50.77 
 
 		 261 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  50.77 
 
 		 261 aa  276  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  49.62 
 
 		 259 aa  273  3e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 		 271 aa  270  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  53.82 
 
 		 271 aa  269  5e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  53.82 
 
 		 271 aa  269  5e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  54.76 
 
 		 269 aa  268  7e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  52.9 
 
 		 261 aa  267  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  49.45 
 
 		 271 aa  265  8e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  50.59 
 
 		 267 aa  261  8.999999999999999e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  50.38 
 
 		 290 aa  261  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  49.04 
 
 		 302 aa  258  6e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  51.72 
 
 		 266 aa  256  3e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  49.25 
 
 		 289 aa  256  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 		 265 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  50.4 
 
 		 260 aa  252  6e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 270 aa  249  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  50.59 
 
 		 270 aa  248  9e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  49.22 
 
 		 270 aa  246  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 267 aa  244  9e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  48.22 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  48.83 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  48.83 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  48.83 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  48.83 
 
 		 271 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  48.83 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  48.83 
 
 		 271 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  48.83 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  48.02 
 
 		 262 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  48.64 
 
 		 264 aa  238  9e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 		 261 aa  237  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  47.67 
 
 		 264 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  45.8 
 
 		 276 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  45.06 
 
 		 260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  45.8 
 
 		 280 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  45.02 
 
 		 278 aa  233  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  49.03 
 
 		 274 aa  232  6e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>