More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1662 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
284 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  96.35 
 
 
274 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  86.86 
 
 
274 aa  518  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  76.95 
 
 
284 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  76.7 
 
 
286 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  76.34 
 
 
332 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  75.19 
 
 
285 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  74.81 
 
 
285 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  73.61 
 
 
287 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  70.36 
 
 
288 aa  410  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  56.37 
 
 
264 aa  310  2e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  54.44 
 
 
274 aa  309  2.9999999999999997e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 
264 aa  308  5e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  61.2 
 
 
259 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  56.37 
 
 
283 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  56.15 
 
 
261 aa  303  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  56.15 
 
 
261 aa  303  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  56.37 
 
 
264 aa  303  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
262 aa  302  3.0000000000000004e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
262 aa  302  5.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  53.68 
 
 
302 aa  301  6.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
270 aa  300  1e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  57.36 
 
 
259 aa  300  2e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
270 aa  300  3e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
270 aa  299  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  52.24 
 
 
270 aa  299  3e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
270 aa  299  3e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
270 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
270 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
270 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
270 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
270 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
270 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
270 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  53.67 
 
 
270 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  55.21 
 
 
263 aa  298  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
270 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
270 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
261 aa  294  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  52.51 
 
 
261 aa  293  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  54.44 
 
 
269 aa  292  3e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 
261 aa  293  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  55.98 
 
 
283 aa  292  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 
261 aa  292  4e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
261 aa  292  5e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 
276 aa  292  5e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  55.38 
 
 
275 aa  290  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  56.11 
 
 
271 aa  288  5.0000000000000004e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  56.11 
 
 
271 aa  288  5.0000000000000004e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 
273 aa  288  6e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  52.9 
 
 
261 aa  288  7e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  52.51 
 
 
261 aa  288  7e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 
261 aa  288  8e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  52.49 
 
 
261 aa  287  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  51.74 
 
 
259 aa  286  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  52.51 
 
 
261 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 
261 aa  286  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  52.12 
 
 
261 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  52.12 
 
 
261 aa  285  8e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  52.12 
 
 
261 aa  284  9e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
293 aa  283  2.0000000000000002e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
293 aa  283  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  54.65 
 
 
271 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 
264 aa  282  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 
262 aa  281  7.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  52.87 
 
 
264 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  50.58 
 
 
261 aa  279  4e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  51.35 
 
 
261 aa  279  5e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 
262 aa  277  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  55.43 
 
 
261 aa  273  2.0000000000000002e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  51.14 
 
 
290 aa  270  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 
265 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  54.58 
 
 
269 aa  266  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  50.56 
 
 
271 aa  265  7e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  47.25 
 
 
302 aa  263  3e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  49.81 
 
 
267 aa  263  3e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  52.16 
 
 
270 aa  262  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  50.37 
 
 
289 aa  261  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  51.56 
 
 
270 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  52.49 
 
 
266 aa  259  3e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  50.37 
 
 
270 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
260 aa  255  5e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  49.63 
 
 
270 aa  255  6e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  49.63 
 
 
271 aa  255  6e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  49.63 
 
 
270 aa  255  6e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  49.63 
 
 
270 aa  255  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  49.63 
 
 
270 aa  255  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  49.63 
 
 
271 aa  255  6e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  49.63 
 
 
270 aa  255  6e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  50.78 
 
 
264 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 
260 aa  251  8.000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  50.8 
 
 
261 aa  251  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  48.44 
 
 
267 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  50.39 
 
 
264 aa  249  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
351 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 
262 aa  244  8e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  48.81 
 
 
260 aa  243  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1680  tRNA pseudouridine synthase A  50.57 
 
 
262 aa  242  3.9999999999999997e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  48.82 
 
 
270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 
270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>