More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1486 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 261 aa  546  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  82.38 
 
 		 261 aa  460  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  82.38 
 
 		 261 aa  461  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  80.84 
 
 		 261 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  81.99 
 
 		 261 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  82.38 
 
 		 261 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  81.99 
 
 		 261 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  81.23 
 
 		 261 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  81.23 
 
 		 261 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  80.84 
 
 		 261 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  80.08 
 
 		 261 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  79.31 
 
 		 261 aa  448  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  80.46 
 
 		 261 aa  449  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  77.78 
 
 		 261 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  75.86 
 
 		 261 aa  430  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  69.62 
 
 		 270 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  69.62 
 
 		 270 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  69.62 
 
 		 270 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  69.62 
 
 		 270 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  69.62 
 
 		 270 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  68.85 
 
 		 270 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  68.85 
 
 		 270 aa  385  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  68.85 
 
 		 270 aa  386  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  67.05 
 
 		 264 aa  385  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  68.85 
 
 		 270 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  68.85 
 
 		 270 aa  384  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  68.85 
 
 		 270 aa  384  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  68.85 
 
 		 270 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  68.85 
 
 		 270 aa  384  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  68.85 
 
 		 270 aa  384  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  68.08 
 
 		 270 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  67.43 
 
 		 276 aa  377  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  65.9 
 
 		 264 aa  377  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  67.05 
 
 		 283 aa  380  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  66.67 
 
 		 273 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  68.08 
 
 		 264 aa  376  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  68.73 
 
 		 275 aa  374  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  67.82 
 
 		 264 aa  373  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  64.37 
 
 		 263 aa  371  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  65.64 
 
 		 261 aa  369  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  67.82 
 
 		 283 aa  369  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  63.22 
 
 		 262 aa  363  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  66.67 
 
 		 264 aa  361  5.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  66.28 
 
 		 293 aa  361  7.0000000000000005e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  66.28 
 
 		 293 aa  361  7.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  64.09 
 
 		 269 aa  361  8e-99  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  62.16 
 
 		 259 aa  344  8e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  59.39 
 
 		 267 aa  329  3e-89  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  57.2 
 
 		 271 aa  308  4e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 286 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  55.98 
 
 		 332 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  56.76 
 
 		 284 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  55.98 
 
 		 285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  51.16 
 
 		 261 aa  303  3.0000000000000004e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  51.16 
 
 		 261 aa  303  3.0000000000000004e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  54.44 
 
 		 285 aa  297  9e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 274 aa  296  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  54.3 
 
 		 262 aa  296  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 287 aa  294  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  54.47 
 
 		 269 aa  293  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  54.09 
 
 		 261 aa  293  1e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  52.51 
 
 		 284 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  52.51 
 
 		 274 aa  292  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  53.88 
 
 		 259 aa  292  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  52.51 
 
 		 302 aa  291  6e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  52.11 
 
 		 262 aa  290  1e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  52.11 
 
 		 262 aa  290  2e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  54.51 
 
 		 290 aa  288  4e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  51.74 
 
 		 274 aa  288  5.0000000000000004e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  53.36 
 
 		 259 aa  286  2e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  52.33 
 
 		 271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  52.33 
 
 		 271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  51.75 
 
 		 266 aa  282  3.0000000000000004e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  53.46 
 
 		 288 aa  282  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 		 265 aa  278  5e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  53.03 
 
 		 289 aa  276  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  49.61 
 
 		 270 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  49.61 
 
 		 270 aa  275  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  50.19 
 
 		 302 aa  273  3e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  49.61 
 
 		 271 aa  271  9e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  48.21 
 
 		 260 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  48.43 
 
 		 267 aa  265  5e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  47.45 
 
 		 270 aa  261  6e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  49.02 
 
 		 270 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  47.06 
 
 		 270 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  47.06 
 
 		 270 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  47.06 
 
 		 270 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  47.06 
 
 		 271 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  47.06 
 
 		 270 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  47.06 
 
 		 270 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  47.06 
 
 		 271 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  49.02 
 
 		 270 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 262 aa  257  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  48.24 
 
 		 270 aa  255  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2851  tRNA pseudouridine synthase A  54.58 
 
 		 256 aa  254  8e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  48.63 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  48.63 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  48.63 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  48.24 
 
 		 270 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  48.64 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>