More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1790 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 260 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  66.55 
 
 		 278 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  66.67 
 
 		 264 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5241  tRNA pseudouridine synthase A  65.6 
 
 		 282 aa  377  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3237  tRNA pseudouridine synthase A  66.79 
 
 		 274 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2590  tRNA pseudouridine synthase A  66.79 
 
 		 274 aa  379  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  67.8 
 
 		 264 aa  370  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  68.11 
 
 		 270 aa  364  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4870  tRNA pseudouridine synthase A  66.54 
 
 		 272 aa  359  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  64.62 
 
 		 260 aa  352  4e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1680  tRNA pseudouridine synthase A  63.46 
 
 		 262 aa  330  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  55.82 
 
 		 270 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  54.69 
 
 		 262 aa  293  3e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  54.22 
 
 		 270 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 271 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 270 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 270 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 271 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 270 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 270 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 270 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 270 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  55.2 
 
 		 270 aa  278  9e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 267 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  54 
 
 		 270 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  54.4 
 
 		 270 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  54.4 
 
 		 270 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  54.4 
 
 		 270 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  54.4 
 
 		 270 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 270 aa  270  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 351 aa  268  5e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 		 261 aa  268  8e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  50.99 
 
 		 260 aa  266  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 		 264 aa  259  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  45.88 
 
 		 262 aa  259  3e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  45.88 
 
 		 262 aa  259  3e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  49.21 
 
 		 264 aa  259  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  51.55 
 
 		 278 aa  258  7e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 264 aa  258  7e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  51.16 
 
 		 273 aa  257  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  50.19 
 
 		 265 aa  256  4e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 284 aa  255  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  48.81 
 
 		 284 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  47.83 
 
 		 274 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  49.21 
 
 		 285 aa  251  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 274 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  49.21 
 
 		 332 aa  250  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 286 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  48.59 
 
 		 271 aa  250  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  48.59 
 
 		 271 aa  250  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  50.59 
 
 		 274 aa  249  5e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  47.49 
 
 		 275 aa  248  8e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 285 aa  248  9e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  46.59 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  48.8 
 
 		 259 aa  246  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  46.59 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  46.21 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 259 aa  245  6e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  46 
 
 		 259 aa  244  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  46.18 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  50.62 
 
 		 274 aa  242  5e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 261 aa  242  5e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  46.15 
 
 		 269 aa  241  7e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  46.4 
 
 		 261 aa  240  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  45.78 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  45.78 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  45 
 
 		 276 aa  240  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  45.78 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  45.78 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  45.78 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  46.06 
 
 		 262 aa  239  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  50.62 
 
 		 274 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 270 aa  238  5e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 270 aa  239  5e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 270 aa  238  5e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 270 aa  238  5e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  44.98 
 
 		 270 aa  238  5e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  47.18 
 
 		 271 aa  238  9e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  47.43 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 		 262 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  44.62 
 
 		 271 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2851  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  45.06 
 
 		 287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  45.2 
 
 		 261 aa  233  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  44.8 
 
 		 261 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  46.25 
 
 		 302 aa  232  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  44.8 
 
 		 269 aa  232  4.0000000000000004e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 274 aa  232  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  43.2 
 
 		 261 aa  231  6e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  46.8 
 
 		 261 aa  230  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 283 aa  230  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  46.22 
 
 		 266 aa  229  3e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  44.66 
 
 		 267 aa  229  4e-59  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  44.4 
 
 		 261 aa  228  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  44.4 
 
 		 276 aa  228  8e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 290 aa  227  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>