More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_23840 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 285 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  96.84 
 
 		 285 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  79.93 
 
 		 287 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  74.73 
 
 		 286 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  74.37 
 
 		 284 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  74.73 
 
 		 332 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  75.09 
 
 		 284 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  73.99 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  74.36 
 
 		 274 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  76.58 
 
 		 288 aa  437  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  57.53 
 
 		 274 aa  333  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  57.69 
 
 		 263 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  57.25 
 
 		 270 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  57.25 
 
 		 270 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  57.25 
 
 		 270 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  57.25 
 
 		 270 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  57.25 
 
 		 270 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  56.87 
 
 		 270 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  56.87 
 
 		 270 aa  308  5.9999999999999995e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  57.31 
 
 		 283 aa  308  9e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 270 aa  308  9e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 270 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 270 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 		 262 aa  306  2.0000000000000002e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 270 aa  306  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  57.92 
 
 		 264 aa  306  3e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  54.05 
 
 		 262 aa  306  3e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  57.53 
 
 		 264 aa  306  3e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 270 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  56.49 
 
 		 270 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 270 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 270 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  57.84 
 
 		 275 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  55.98 
 
 		 261 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  55.94 
 
 		 261 aa  302  5.000000000000001e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  55.94 
 
 		 261 aa  302  5.000000000000001e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 		 302 aa  301  6.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  56.76 
 
 		 261 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  56.23 
 
 		 269 aa  300  1e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  57.53 
 
 		 264 aa  300  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  56.37 
 
 		 261 aa  299  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  55.98 
 
 		 261 aa  299  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  56.37 
 
 		 261 aa  299  4e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  56.37 
 
 		 261 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  56.37 
 
 		 261 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  56.92 
 
 		 283 aa  298  6e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 261 aa  298  6e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 261 aa  298  6e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  57.31 
 
 		 293 aa  298  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  56.76 
 
 		 261 aa  297  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  57.31 
 
 		 293 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  57.31 
 
 		 264 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  60 
 
 		 259 aa  297  2e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 		 261 aa  296  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 261 aa  295  5e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  57.14 
 
 		 261 aa  295  6e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  56.39 
 
 		 276 aa  294  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 264 aa  294  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 273 aa  293  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  54.41 
 
 		 261 aa  290  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 261 aa  290  2e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  52.9 
 
 		 259 aa  289  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  56.98 
 
 		 259 aa  289  3e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  55.21 
 
 		 261 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  53.67 
 
 		 262 aa  287  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  51.59 
 
 		 262 aa  285  7e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  54.76 
 
 		 267 aa  282  6.000000000000001e-75  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  53.05 
 
 		 271 aa  275  8e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  53.05 
 
 		 271 aa  275  8e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 271 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  54.17 
 
 		 269 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  53.64 
 
 		 266 aa  270  2e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  50.94 
 
 		 289 aa  268  7e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  52.8 
 
 		 265 aa  267  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  51.69 
 
 		 271 aa  266  2e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  53.88 
 
 		 261 aa  264  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  51.76 
 
 		 270 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  49.24 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  50.76 
 
 		 290 aa  262  6e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  51.19 
 
 		 270 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 260 aa  260  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 271 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 270 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 270 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 270 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 270 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 270 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 271 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  50.4 
 
 		 270 aa  259  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 267 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  49.62 
 
 		 262 aa  253  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  50.78 
 
 		 264 aa  251  7e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  52.34 
 
 		 264 aa  251  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  50.37 
 
 		 274 aa  250  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 260 aa  248  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  49.21 
 
 		 260 aa  245  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  51.38 
 
 		 274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 261 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  48.13 
 
 		 280 aa  242  6e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 270 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>