More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1916 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 260 aa  529  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  56.08 
 
 		 261 aa  298  8e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  57.77 
 
 		 265 aa  293  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  55.91 
 
 		 351 aa  293  3e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  57.77 
 
 		 271 aa  291  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  57.77 
 
 		 271 aa  291  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  57.6 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  57.6 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  57.6 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  57.6 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  57.6 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  55.38 
 
 		 270 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  57.6 
 
 		 270 aa  288  7e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  55.38 
 
 		 270 aa  285  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  55.78 
 
 		 267 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  57.2 
 
 		 270 aa  281  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  57.2 
 
 		 270 aa  281  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  49.4 
 
 		 261 aa  279  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  56.13 
 
 		 270 aa  277  9e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  55.12 
 
 		 262 aa  277  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  56 
 
 		 270 aa  276  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 270 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 270 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 270 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  56.52 
 
 		 260 aa  272  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  53.69 
 
 		 259 aa  268  7e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  50.99 
 
 		 260 aa  266  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  48.21 
 
 		 261 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  51.94 
 
 		 273 aa  264  8.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  51.56 
 
 		 278 aa  262  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  53.15 
 
 		 270 aa  261  8e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 285 aa  260  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 271 aa  260  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 271 aa  260  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  53.1 
 
 		 266 aa  259  2e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 285 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 259 aa  259  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 274 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 269 aa  258  6e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  46.83 
 
 		 269 aa  258  6e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 264 aa  258  9e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  48.03 
 
 		 283 aa  258  9e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  49.4 
 
 		 264 aa  258  9e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  51.98 
 
 		 288 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  51.39 
 
 		 286 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1680  tRNA pseudouridine synthase A  55.73 
 
 		 262 aa  256  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  47.41 
 
 		 262 aa  256  2e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  47.04 
 
 		 267 aa  256  2e-67  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  51.39 
 
 		 332 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  50.99 
 
 		 284 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  48 
 
 		 270 aa  256  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  49.81 
 
 		 264 aa  256  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  46 
 
 		 264 aa  255  6e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  255  6e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  255  6e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  254  7e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  47.01 
 
 		 261 aa  254  8e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  48.22 
 
 		 261 aa  254  8e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  47.22 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  47.22 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  47.22 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  47.22 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  48.21 
 
 		 263 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  47.22 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  52.76 
 
 		 264 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  49.41 
 
 		 274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 274 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  51.98 
 
 		 274 aa  252  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  54.22 
 
 		 261 aa  252  5.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  251  6e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 284 aa  251  7e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  45.6 
 
 		 261 aa  251  7e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  251  7e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  251  7e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  46.43 
 
 		 270 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  50.4 
 
 		 287 aa  251  7e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  49.8 
 
 		 259 aa  251  8.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  250  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  250  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  250  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  249  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  249  3e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  45.02 
 
 		 261 aa  249  4e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  45.6 
 
 		 262 aa  249  5e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  48.43 
 
 		 283 aa  248  7e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 275 aa  248  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  51.19 
 
 		 274 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  45.45 
 
 		 261 aa  247  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  47.04 
 
 		 276 aa  247  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  46.22 
 
 		 273 aa  247  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4870  tRNA pseudouridine synthase A  49.26 
 
 		 272 aa  246  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  246  2e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  46.61 
 
 		 261 aa  246  2e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 		 264 aa  244  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>