More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0868 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
262 aa  540  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  60.4 
 
 
351 aa  312  2.9999999999999996e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  58.85 
 
 
261 aa  296  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  56.86 
 
 
264 aa  295  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  58.63 
 
 
265 aa  295  4e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  56.3 
 
 
270 aa  294  8e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  54.69 
 
 
260 aa  293  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  54.65 
 
 
278 aa  291  8e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  54.9 
 
 
264 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  55.08 
 
 
260 aa  288  8e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5241  tRNA pseudouridine synthase A  53.38 
 
 
282 aa  287  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4870  tRNA pseudouridine synthase A  55.22 
 
 
272 aa  278  9e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  55.12 
 
 
260 aa  277  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 
270 aa  275  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2590  tRNA pseudouridine synthase A  51.89 
 
 
274 aa  272  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3237  tRNA pseudouridine synthase A  51.89 
 
 
274 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 
270 aa  271  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 
271 aa  270  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 
264 aa  271  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 
271 aa  270  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1680  tRNA pseudouridine synthase A  54.79 
 
 
262 aa  270  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 
264 aa  269  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 
264 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
262 aa  266  2.9999999999999995e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  50.4 
 
 
261 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
261 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
263 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  51.35 
 
 
269 aa  262  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
271 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
271 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
270 aa  261  8e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
270 aa  261  8e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
270 aa  261  8e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
270 aa  261  8e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
270 aa  261  8e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
273 aa  261  8.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  51.59 
 
 
267 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 
261 aa  259  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 
270 aa  259  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  54 
 
 
259 aa  258  5.0000000000000005e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 
270 aa  258  8e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 
270 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  52.8 
 
 
270 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
261 aa  257  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  51.2 
 
 
269 aa  256  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
261 aa  254  7e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  51.41 
 
 
259 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 
270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 
270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 
270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  54.55 
 
 
274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  49.81 
 
 
273 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 
280 aa  253  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  49.4 
 
 
276 aa  252  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  48.19 
 
 
261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  48.19 
 
 
261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 
270 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  49.62 
 
 
285 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  50.8 
 
 
302 aa  252  5.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  49.2 
 
 
261 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  49.2 
 
 
261 aa  251  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  49.2 
 
 
261 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 
302 aa  251  1e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
261 aa  250  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  46.25 
 
 
262 aa  249  3e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  49.4 
 
 
274 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  48.47 
 
 
285 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
261 aa  249  4e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  45.85 
 
 
262 aa  248  5e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
290 aa  248  5e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
278 aa  248  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  49.2 
 
 
276 aa  248  7e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
261 aa  248  8e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
261 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
261 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  48.61 
 
 
270 aa  248  9e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
261 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  51.41 
 
 
266 aa  246  3e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
271 aa  245  4e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
261 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 
284 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  54.77 
 
 
274 aa  244  8e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  48.8 
 
 
284 aa  244  9e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
264 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  47.81 
 
 
270 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  47.04 
 
 
283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 
293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  47.81 
 
 
270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  47.81 
 
 
270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  47.81 
 
 
270 aa  242  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  46.4 
 
 
259 aa  243  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  46.77 
 
 
262 aa  243  3e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 
264 aa  243  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  47.81 
 
 
270 aa  243  3e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  54.36 
 
 
274 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  47.81 
 
 
270 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  47.81 
 
 
270 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  48.61 
 
 
274 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>