More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3667 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 291 aa  580  1.0000000000000001e-165  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  65.84 
 
 		 273 aa  361  6e-99  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  59.71 
 
 		 297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  58.31 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  58.31 
 
 		 299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  58.31 
 
 		 299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  59.45 
 
 		 298 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  56.23 
 
 		 299 aa  289  3e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  57.45 
 
 		 314 aa  284  1.0000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  55.29 
 
 		 300 aa  277  1e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  55.05 
 
 		 282 aa  276  2e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  54.29 
 
 		 288 aa  266  4e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  54.41 
 
 		 297 aa  259  3e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 300 aa  258  6e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  54.78 
 
 		 274 aa  258  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  53.26 
 
 		 294 aa  256  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  52.85 
 
 		 296 aa  255  6e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 279 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  55.72 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  53.99 
 
 		 297 aa  248  6e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 286 aa  248  8e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 268 aa  245  6.999999999999999e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  50.17 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  53.52 
 
 		 276 aa  236  2e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  53.48 
 
 		 275 aa  236  4e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  49.65 
 
 		 346 aa  232  4.0000000000000004e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  49.65 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  49.14 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  48.87 
 
 		 287 aa  223  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  46.18 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  43.21 
 
 		 280 aa  204  2e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  52.61 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  39.93 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  53.68 
 
 		 360 aa  182  7e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  41.89 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  40.27 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 248 aa  152  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 283 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  35.79 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  36.94 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 257 aa  150  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.5 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  36.92 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 270 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 270 aa  149  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 270 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 270 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 262 aa  149  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  35.71 
 
 		 270 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  35.09 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 284 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  34.53 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 264 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 264 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  35.41 
 
 		 264 aa  143  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 252 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  40.78 
 
 		 250 aa  143  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 262 aa  142  6e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  36.54 
 
 		 259 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 253 aa  140  3e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  34.32 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  34.73 
 
 		 261 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  34.73 
 
 		 261 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  34.73 
 
 		 261 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  32.97 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  34.1 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  35.09 
 
 		 264 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 271 aa  136  5e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  32.98 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 258 aa  135  7.000000000000001e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 261 aa  135  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  35.53 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 269 aa  135  9e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 261 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>