More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0126 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 264 aa  543  1e-153  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  45.85 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  45.85 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  44.66 
 
 		 250 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 244 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 247 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 248 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  42.06 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  41.34 
 
 		 244 aa  189  5e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  42.29 
 
 		 248 aa  188  7e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 248 aa  188  9e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 244 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  41.31 
 
 		 250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  40.86 
 
 		 247 aa  183  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 244 aa  182  7e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 244 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 245 aa  179  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 245 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 		 252 aa  178  8e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 245 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 259 aa  177  2e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 256 aa  176  3e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 256 aa  176  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 260 aa  175  5e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 244 aa  175  6e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 286 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 284 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  37.15 
 
 		 332 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  38.19 
 
 		 249 aa  175  8e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 284 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  32.57 
 
 		 264 aa  166  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 263 aa  162  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 274 aa  161  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  35.55 
 
 		 262 aa  161  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  36.72 
 
 		 255 aa  159  3e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 251 aa  158  7e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.39 
 
 		 245 aa  158  9e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34.5 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28572  predicted protein  38.02 
 
 		 286 aa  156  3e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0301527  hitchhiker  0.000000212396 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 262 aa  156  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 259 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 252 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 246 aa  155  8e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  33.73 
 
 		 259 aa  155  9e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 265 aa  154  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.87 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  36.68 
 
 		 252 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.99 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 252 aa  152  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 261 aa  149  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  34.26 
 
 		 283 aa  149  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>