More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1933 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 250 aa  523  1e-147  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  61.16 
 
 		 284 aa  308  6.999999999999999e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 252 aa  276  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  51.84 
 
 		 258 aa  266  2.9999999999999995e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  50.61 
 
 		 248 aa  263  3e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  52.34 
 
 		 261 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  47.35 
 
 		 248 aa  251  8.000000000000001e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  47.41 
 
 		 252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 253 aa  235  4e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 250 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 268 aa  163  2.0000000000000002e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  36.48 
 
 		 269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  38.91 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 257 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 264 aa  155  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 245 aa  152  7e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 245 aa  151  8.999999999999999e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 302 aa  150  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.68 
 
 		 244 aa  150  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 252 aa  149  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 248 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 248 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 253 aa  148  7e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.87 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.34 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  34.6 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 263 aa  146  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 259 aa  145  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  32.77 
 
 		 243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 260 aa  145  6e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 244 aa  145  6e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 249 aa  145  6e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.6 
 
 		 244 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 262 aa  143  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 271 aa  143  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 247 aa  142  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 268 aa  142  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  35.6 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 250 aa  142  6e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 273 aa  142  7e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 259 aa  141  9e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 270 aa  140  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1712  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199289  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  138  7e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  35.15 
 
 		 243 aa  138  7e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 261 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 276 aa  137  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 262 aa  137  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 245 aa  136  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  32.8 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 245 aa  136  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1064  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000223537  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  31.35 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 310 aa  136  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 		 267 aa  135  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 		 237 aa  135  4e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 245 aa  136  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 		 267 aa  135  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 254 aa  136  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  34.88 
 
 		 261 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  31.69 
 
 		 303 aa  135  5e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 261 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 245 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 245 aa  135  9e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>