More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1355 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 237 aa  484  1e-136  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  52.36 
 
 		 233 aa  248  8e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  52.52 
 
 		 243 aa  246  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  51.87 
 
 		 258 aa  236  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  48.31 
 
 		 243 aa  231  6e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 243 aa  225  5.0000000000000005e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  49.58 
 
 		 253 aa  223  3e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  36.93 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 268 aa  159  5e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  37.18 
 
 		 284 aa  156  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 248 aa  155  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 252 aa  152  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 259 aa  149  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 264 aa  149  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  40.42 
 
 		 252 aa  148  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.39 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 250 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 264 aa  142  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 244 aa  141  9e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 248 aa  140  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 256 aa  139  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  30.86 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  36.93 
 
 		 246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.14 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  30.86 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 258 aa  137  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  32.22 
 
 		 259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 		 250 aa  135  4e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  135  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  135  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 252 aa  135  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 261 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 261 aa  135  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 261 aa  135  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  32.37 
 
 		 246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  32.37 
 
 		 246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  37.32 
 
 		 268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0994  pseudouridylate synthase  36.75 
 
 		 236 aa  135  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 		 274 aa  134  9e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  134  9e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  134  9e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  134  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 268 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 252 aa  133  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 248 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 261 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  33.89 
 
 		 261 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  34.84 
 
 		 271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 		 247 aa  132  5e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.47 
 
 		 244 aa  132  5e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.76 
 
 		 262 aa  132  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 252 aa  130  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  33.89 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  30 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  31.12 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  32.5 
 
 		 269 aa  129  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  32.5 
 
 		 244 aa  128  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 351 aa  128  6e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 261 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  33.89 
 
 		 243 aa  128  9.000000000000001e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 261 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  32.62 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  32.62 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 264 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 302 aa  125  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 		 244 aa  125  6e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 272 aa  124  9e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 270 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>