More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1123 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 233 aa  481  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  52.36 
 
 		 237 aa  248  8e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  51.26 
 
 		 243 aa  246  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  48.32 
 
 		 258 aa  237  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  49.15 
 
 		 243 aa  228  6e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  50.42 
 
 		 253 aa  224  7e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  47.48 
 
 		 243 aa  218  3.9999999999999997e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 259 aa  157  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  42.72 
 
 		 252 aa  155  4e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 244 aa  151  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 261 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  35.68 
 
 		 245 aa  148  8e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.8 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.58 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.96 
 
 		 246 aa  145  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.96 
 
 		 246 aa  145  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.58 
 
 		 244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.41 
 
 		 270 aa  145  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 266 aa  143  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 		 252 aa  142  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  40.83 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 248 aa  142  5e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 258 aa  141  7e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 261 aa  141  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  37.62 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 		 261 aa  139  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.97 
 
 		 263 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 296 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  39.59 
 
 		 259 aa  137  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 265 aa  136  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  43.13 
 
 		 279 aa  136  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 245 aa  135  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  31.95 
 
 		 260 aa  135  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 		 248 aa  135  5e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 247 aa  135  7.000000000000001e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 247 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 261 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 245 aa  135  8e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  31.85 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  40 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.75 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  34.73 
 
 		 250 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  132  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 274 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  37.02 
 
 		 276 aa  132  3e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  132  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  132  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  132  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 271 aa  132  6e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 261 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  38.35 
 
 		 264 aa  131  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 264 aa  131  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 284 aa  131  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 252 aa  131  9e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 252 aa  131  9e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 293 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>