More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1666 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
261 aa  540  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  47.76 
 
 
252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 
244 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  49.38 
 
 
245 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  48.96 
 
 
245 aa  214  8e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 
244 aa  208  7e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 
244 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 
271 aa  206  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 
271 aa  206  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 
271 aa  206  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  46.89 
 
 
264 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  47.56 
 
 
250 aa  206  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 
247 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  45.87 
 
 
252 aa  201  7e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  48.18 
 
 
271 aa  201  7e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 
248 aa  201  9e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  44 
 
 
259 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 
248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 
250 aa  199  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  45.31 
 
 
246 aa  198  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  45.31 
 
 
246 aa  198  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 
264 aa  196  3e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  46.06 
 
 
245 aa  195  6e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 
248 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 
244 aa  188  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 
258 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 
256 aa  187  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 
302 aa  187  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 
244 aa  186  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 
244 aa  185  6e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
262 aa  183  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 
273 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
247 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 
250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 
262 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  44.21 
 
 
262 aa  181  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 
248 aa  181  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  43.09 
 
 
246 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  42.86 
 
 
246 aa  181  1e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
271 aa  180  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 
283 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  41.39 
 
 
259 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
264 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 
244 aa  178  9e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 
276 aa  178  9e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
274 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 
270 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 
280 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 
261 aa  177  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 
252 aa  177  1e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 
274 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
284 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 
262 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
264 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 
248 aa  177  2e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 
248 aa  176  3e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 
256 aa  176  3e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 
276 aa  176  4e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 
270 aa  176  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 
253 aa  176  4e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 
259 aa  176  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
260 aa  175  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 
262 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
261 aa  175  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  175  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  175  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  175  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40.33 
 
 
263 aa  175  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 
285 aa  175  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1544  tRNA pseudouridine synthase A  43.23 
 
 
272 aa  175  8e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
261 aa  174  9e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.89 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  41.22 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 
259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 
246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.33 
 
 
245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 
243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 
269 aa  172  5e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
261 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.33 
 
 
245 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
264 aa  171  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>