More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NSE_0020 on replicon NC_007798
Organism: Neorickettsia sennetsu str. Miyayama



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 243 aa  506  1e-143  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 		 245 aa  239  2e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 245 aa  235  5.0000000000000005e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 268 aa  231  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  46.96 
 
 		 247 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 248 aa  228  6e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 247 aa  227  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  47.15 
 
 		 259 aa  227  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 272 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 		 252 aa  226  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 253 aa  224  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 250 aa  224  8e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  47.76 
 
 		 260 aa  223  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 		 245 aa  223  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 		 254 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 255 aa  221  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  43.85 
 
 		 246 aa  219  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 		 247 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 250 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  45.34 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  46.53 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  45.34 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  45.75 
 
 		 245 aa  215  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 249 aa  212  3.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 251 aa  212  5.999999999999999e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 251 aa  212  5.999999999999999e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 245 aa  212  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 246 aa  209  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  42.45 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 258 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 255 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 259 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 261 aa  192  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 270 aa  191  8e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 261 aa  191  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 249 aa  186  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 259 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  41.87 
 
 		 259 aa  181  7e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 264 aa  178  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 266 aa  176  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 263 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 244 aa  175  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 259 aa  175  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  39.58 
 
 		 244 aa  175  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 269 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 271 aa  172  5e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 252 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  40.17 
 
 		 262 aa  172  5.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  40.33 
 
 		 274 aa  171  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 261 aa  171  9e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 269 aa  171  9e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 247 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 252 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 286 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 252 aa  168  7e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 244 aa  167  9e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 261 aa  168  9e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 262 aa  166  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 264 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>