More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0540 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 259 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  79.03 
 
 		 268 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  78.23 
 
 		 272 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  76.11 
 
 		 247 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  65.18 
 
 		 251 aa  339  2.9999999999999998e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  65.18 
 
 		 251 aa  339  2.9999999999999998e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  63.56 
 
 		 251 aa  331  9e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  62.7 
 
 		 260 aa  324  8.000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  67.21 
 
 		 247 aa  323  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 246 aa  312  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 		 255 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  59.51 
 
 		 245 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 247 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 		 248 aa  298  5e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  57.89 
 
 		 245 aa  291  5e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  61.13 
 
 		 245 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 		 245 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  60.32 
 
 		 245 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  59.11 
 
 		 245 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  59.11 
 
 		 245 aa  281  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  57.77 
 
 		 249 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  53.63 
 
 		 249 aa  270  2e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  54.03 
 
 		 246 aa  268  4e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  54.72 
 
 		 255 aa  267  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  53.2 
 
 		 278 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  54.33 
 
 		 255 aa  265  5e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 254 aa  264  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  52.99 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  54.33 
 
 		 257 aa  259  4e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  52.99 
 
 		 250 aa  258  7e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  52.99 
 
 		 252 aa  257  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 259 aa  258  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 254 aa  256  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 250 aa  255  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  53.39 
 
 		 250 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  52.09 
 
 		 257 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  47.15 
 
 		 245 aa  248  6e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  50.39 
 
 		 261 aa  244  8e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  54.44 
 
 		 254 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  47.15 
 
 		 245 aa  229  4e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  47.15 
 
 		 243 aa  227  1e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  51.56 
 
 		 261 aa  226  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  51.39 
 
 		 255 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 258 aa  216  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  45.2 
 
 		 269 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  43.24 
 
 		 289 aa  199  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  45.28 
 
 		 285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 259 aa  192  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  43.09 
 
 		 259 aa  193  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 259 aa  192  5e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  42.69 
 
 		 271 aa  192  6e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  44.09 
 
 		 285 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  44 
 
 		 271 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  44 
 
 		 271 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 		 244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  43.09 
 
 		 263 aa  188  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 		 264 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  43.13 
 
 		 266 aa  187  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  40.86 
 
 		 351 aa  186  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 261 aa  186  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 264 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 270 aa  185  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 		 271 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 		 271 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 270 aa  185  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  41.27 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 267 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 262 aa  182  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 270 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 284 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 262 aa  179  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 		 270 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  40.39 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 264 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 332 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 261 aa  178  9e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 262 aa  178  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 269 aa  176  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 262 aa  175  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 274 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2590  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 274 aa  175  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 260 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>