More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4567 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 249 aa  510  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  59.51 
 
 		 249 aa  309  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  62.35 
 
 		 251 aa  300  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  62.35 
 
 		 251 aa  300  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 245 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  59.51 
 
 		 255 aa  293  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  60.73 
 
 		 251 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  58.47 
 
 		 278 aa  289  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 247 aa  289  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  56.28 
 
 		 247 aa  288  6e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  57.72 
 
 		 246 aa  286  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  57.89 
 
 		 268 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 259 aa  281  5.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 245 aa  281  6.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  57.77 
 
 		 259 aa  280  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 		 245 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  56.28 
 
 		 247 aa  277  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  56.28 
 
 		 272 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  60.82 
 
 		 245 aa  274  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  56.75 
 
 		 255 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  56.35 
 
 		 255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  58.33 
 
 		 257 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 246 aa  270  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 250 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  54.4 
 
 		 253 aa  266  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  53.66 
 
 		 248 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  58.78 
 
 		 245 aa  265  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 260 aa  262  4e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 252 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 250 aa  257  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  52 
 
 		 261 aa  255  6e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  55.92 
 
 		 254 aa  254  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  55.02 
 
 		 257 aa  254  8e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 250 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 254 aa  246  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  54.55 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 258 aa  230  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 254 aa  225  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 245 aa  219  3e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  50.81 
 
 		 255 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 245 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  211  9e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 245 aa  205  5e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 261 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 		 351 aa  192  3e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 262 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  45.75 
 
 		 259 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 262 aa  185  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 265 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 271 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 271 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 252 aa  182  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 261 aa  182  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  42.46 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 269 aa  180  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 261 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  43.33 
 
 		 276 aa  178  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 260 aa  177  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  40.74 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 274 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 264 aa  176  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 262 aa  176  4e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 261 aa  176  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 262 aa  175  6e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 244 aa  174  8e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 261 aa  174  8e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  42.39 
 
 		 270 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 273 aa  173  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  44.03 
 
 		 266 aa  172  5e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 244 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  43.62 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 267 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  39.58 
 
 		 283 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 246 aa  169  5e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  41.67 
 
 		 259 aa  168  7e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 270 aa  168  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 		 285 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 		 261 aa  168  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>