More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0534 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 261 aa  525  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  75.58 
 
 		 255 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  74.81 
 
 		 255 aa  374  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  77.13 
 
 		 257 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  67.43 
 
 		 259 aa  352  4e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  73.26 
 
 		 257 aa  347  8e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  64.86 
 
 		 261 aa  345  6e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  54.12 
 
 		 249 aa  272  3e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  56.59 
 
 		 246 aa  270  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  54.55 
 
 		 249 aa  260  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  56.3 
 
 		 247 aa  258  9e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  51.19 
 
 		 245 aa  256  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  54.33 
 
 		 248 aa  256  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  53.75 
 
 		 255 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  54.37 
 
 		 260 aa  253  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  54.76 
 
 		 245 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  52.76 
 
 		 268 aa  248  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  52.78 
 
 		 245 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  51.75 
 
 		 251 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  51.98 
 
 		 245 aa  246  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 246 aa  245  4e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 251 aa  242  3.9999999999999997e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 251 aa  242  3.9999999999999997e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  50.79 
 
 		 272 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  51.18 
 
 		 247 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  50 
 
 		 278 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 253 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  51.95 
 
 		 259 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 258 aa  236  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  51.98 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  52.57 
 
 		 245 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  48.82 
 
 		 247 aa  230  2e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  48.62 
 
 		 252 aa  227  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 250 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  51.98 
 
 		 245 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  47.62 
 
 		 250 aa  222  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  43.43 
 
 		 245 aa  221  9e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  47.62 
 
 		 250 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  49.21 
 
 		 254 aa  217  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  48.84 
 
 		 254 aa  214  9e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  43.43 
 
 		 245 aa  211  9e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  48.84 
 
 		 255 aa  203  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  44.05 
 
 		 270 aa  199  5e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 243 aa  198  6e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  43.24 
 
 		 278 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  42.64 
 
 		 273 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 261 aa  175  6e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  44.14 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  43.31 
 
 		 271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  43.31 
 
 		 271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 270 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  43.58 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  42.47 
 
 		 271 aa  172  5.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  41.6 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  42.46 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  42.58 
 
 		 267 aa  168  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 274 aa  168  7e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 275 aa  167  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  41.34 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 		 245 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  34.13 
 
 		 244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 274 aa  162  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 245 aa  161  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3237  tRNA pseudouridine synthase A  39.23 
 
 		 274 aa  161  9e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  39.85 
 
 		 289 aa  161  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  41.96 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  44.05 
 
 		 262 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 247 aa  161  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 259 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  40.55 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2590  tRNA pseudouridine synthase A  38.85 
 
 		 274 aa  159  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 247 aa  159  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  40.47 
 
 		 264 aa  158  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  40.86 
 
 		 259 aa  158  9e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 266 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 		 253 aa  158  1e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>