More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BRA1033 on replicon NC_004311
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 251 aa  520  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 251 aa  520  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  94.42 
 
 		 251 aa  498  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  65.18 
 
 		 272 aa  348  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  66.8 
 
 		 247 aa  347  7e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  64.37 
 
 		 268 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  65.18 
 
 		 259 aa  339  2.9999999999999998e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  67.61 
 
 		 247 aa  333  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  64.37 
 
 		 245 aa  329  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  61.54 
 
 		 247 aa  328  5.0000000000000004e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  63.56 
 
 		 255 aa  318  6e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  63.16 
 
 		 245 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 260 aa  311  7.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  60.32 
 
 		 246 aa  311  7.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  62.35 
 
 		 249 aa  300  1e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 248 aa  298  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  63.16 
 
 		 245 aa  296  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  57.2 
 
 		 249 aa  296  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  63.56 
 
 		 245 aa  294  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  62.35 
 
 		 245 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 245 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  60.73 
 
 		 245 aa  274  9e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  54.98 
 
 		 253 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  56.28 
 
 		 246 aa  270  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  55.38 
 
 		 252 aa  267  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  55.38 
 
 		 250 aa  267  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  51.22 
 
 		 245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 250 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  54.58 
 
 		 250 aa  261  6e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  53.04 
 
 		 278 aa  259  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  46.75 
 
 		 245 aa  257  1e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  51.95 
 
 		 255 aa  250  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  52.34 
 
 		 255 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  53.91 
 
 		 257 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  51.18 
 
 		 259 aa  249  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  50.61 
 
 		 254 aa  247  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 261 aa  244  9e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 257 aa  242  3.9999999999999997e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 254 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  46.75 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 261 aa  231  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  50.79 
 
 		 255 aa  225  4e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 259 aa  215  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 243 aa  212  5.999999999999999e-54  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  44.14 
 
 		 271 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  44.8 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 270 aa  193  3e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 261 aa  192  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 262 aa  191  9e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  43.31 
 
 		 269 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 285 aa  188  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  44.05 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  44 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 270 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  41.47 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  40.55 
 
 		 261 aa  186  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  45.35 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 259 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 262 aa  186  4e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 332 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 271 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 262 aa  185  7e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  44.19 
 
 		 286 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 271 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  44.27 
 
 		 270 aa  185  8e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  44.27 
 
 		 270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  44.27 
 
 		 270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  44.27 
 
 		 270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  44.27 
 
 		 270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  43.7 
 
 		 276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 270 aa  182  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 261 aa  182  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 		 261 aa  182  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  41.6 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 245 aa  181  7e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>