More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0348 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 258 aa  520  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  68.9 
 
 		 255 aa  321  9.000000000000001e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  58.47 
 
 		 278 aa  275  7e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 246 aa  270  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 248 aa  262  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  56.85 
 
 		 260 aa  259  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  53.63 
 
 		 246 aa  258  1e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  54.37 
 
 		 249 aa  254  7e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  51.17 
 
 		 259 aa  245  4e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  56.85 
 
 		 245 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  51.16 
 
 		 261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  52.42 
 
 		 245 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  53.49 
 
 		 255 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 250 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  53.01 
 
 		 249 aa  239  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  53.1 
 
 		 255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 261 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  52.82 
 
 		 245 aa  238  5e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 255 aa  238  6.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  54.86 
 
 		 257 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  57.03 
 
 		 245 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  56.85 
 
 		 245 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 247 aa  236  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  53.54 
 
 		 253 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 		 250 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  50.99 
 
 		 268 aa  231  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  51.2 
 
 		 247 aa  231  9e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 		 245 aa  230  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 272 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  55.65 
 
 		 254 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  52.96 
 
 		 252 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 254 aa  230  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  53.97 
 
 		 250 aa  229  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  48 
 
 		 247 aa  229  2e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 259 aa  228  9e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  52.42 
 
 		 245 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 		 251 aa  225  7e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 		 251 aa  225  7e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 254 aa  225  7e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  46.15 
 
 		 245 aa  224  9e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  48.8 
 
 		 251 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 243 aa  210  2e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  49.03 
 
 		 257 aa  204  9e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  48.22 
 
 		 271 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  48 
 
 		 269 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  46.22 
 
 		 270 aa  199  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  48.79 
 
 		 262 aa  195  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  47.81 
 
 		 259 aa  195  7e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  46.56 
 
 		 261 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  47.81 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  49.41 
 
 		 261 aa  191  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  47.6 
 
 		 271 aa  190  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  47.6 
 
 		 271 aa  190  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  45.35 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 351 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  47.37 
 
 		 266 aa  189  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  44.62 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 261 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  44.22 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  44.62 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  43.97 
 
 		 273 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  43.82 
 
 		 264 aa  186  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  45.91 
 
 		 274 aa  182  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 		 284 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  40.47 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  43.73 
 
 		 289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  45.9 
 
 		 276 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  43.95 
 
 		 264 aa  182  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  46.99 
 
 		 275 aa  182  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  46.18 
 
 		 260 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  45.56 
 
 		 260 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  44.62 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  43.02 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  44.4 
 
 		 265 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2590  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 274 aa  179  4e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  44.72 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 283 aa  179  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  40.86 
 
 		 274 aa  178  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 274 aa  178  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5241  tRNA pseudouridine synthase A  41.85 
 
 		 282 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  43.43 
 
 		 263 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  43.98 
 
 		 278 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  42.02 
 
 		 284 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 252 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 274 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 270 aa  175  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 270 aa  175  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 270 aa  175  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>