More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0056 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 247 aa  508  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  80.57 
 
 		 268 aa  424  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  80.97 
 
 		 272 aa  421  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  76.11 
 
 		 259 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  66.8 
 
 		 251 aa  347  7e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  66.8 
 
 		 251 aa  347  7e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  65.18 
 
 		 251 aa  336  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  69.23 
 
 		 247 aa  333  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  62.75 
 
 		 260 aa  314  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  57.09 
 
 		 247 aa  306  3e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  55.87 
 
 		 246 aa  301  8.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  58.7 
 
 		 248 aa  301  9e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  58.7 
 
 		 255 aa  297  9e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  57.49 
 
 		 245 aa  296  3e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  57.49 
 
 		 245 aa  294  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 		 245 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 		 245 aa  288  8e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  55.87 
 
 		 278 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 		 245 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  59.11 
 
 		 245 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 245 aa  277  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  56.28 
 
 		 249 aa  277  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  55.51 
 
 		 254 aa  277  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  54.25 
 
 		 249 aa  274  1.0000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  54.58 
 
 		 250 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  54.66 
 
 		 246 aa  265  4e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  53.78 
 
 		 252 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  53.78 
 
 		 250 aa  262  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  52.59 
 
 		 253 aa  262  4e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  55.87 
 
 		 254 aa  259  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  53.44 
 
 		 250 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 		 255 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  51.39 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 		 255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 259 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  52.78 
 
 		 257 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 		 257 aa  242  5e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 245 aa  239  4e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 245 aa  232  5e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 243 aa  227  1e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  51.18 
 
 		 261 aa  227  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  51.2 
 
 		 258 aa  219  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 		 255 aa  218  6e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 270 aa  198  6e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 262 aa  192  6e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 		 259 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 259 aa  188  5.999999999999999e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 264 aa  185  5e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  44.72 
 
 		 266 aa  185  7e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  42.45 
 
 		 259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  41.57 
 
 		 289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 351 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 261 aa  181  7e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 263 aa  180  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 244 aa  179  4e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 244 aa  178  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  41.25 
 
 		 262 aa  178  7e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 244 aa  176  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 244 aa  175  5e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 244 aa  175  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 256 aa  174  9e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 274 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 		 282 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 244 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 269 aa  172  5e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 265 aa  170  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 285 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.84 
 
 		 245 aa  169  3e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 271 aa  169  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.84 
 
 		 245 aa  169  5e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 252 aa  168  6e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  168  7e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  168  7e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 262 aa  168  7e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  36.73 
 
 		 246 aa  168  7e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  36.73 
 
 		 246 aa  168  7e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>