More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0502 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 257 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  89.41 
 
 		 255 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  88.63 
 
 		 255 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  77.13 
 
 		 261 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  70.31 
 
 		 259 aa  368  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  75.98 
 
 		 257 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  67.84 
 
 		 261 aa  354  6.999999999999999e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  58.33 
 
 		 249 aa  277  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  56 
 
 		 249 aa  277  2e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  56.35 
 
 		 260 aa  263  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  54.37 
 
 		 268 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  52.47 
 
 		 259 aa  261  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  53.41 
 
 		 245 aa  259  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  56.97 
 
 		 247 aa  260  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  53.82 
 
 		 246 aa  258  6e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 		 272 aa  258  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  55.02 
 
 		 245 aa  257  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  53.91 
 
 		 251 aa  257  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  53.91 
 
 		 251 aa  257  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 255 aa  254  9e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  53.39 
 
 		 251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  53.97 
 
 		 278 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  51.79 
 
 		 247 aa  251  6e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 247 aa  251  8.000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  52.8 
 
 		 246 aa  248  5e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  51.81 
 
 		 248 aa  247  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  52.21 
 
 		 253 aa  245  6e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  55.82 
 
 		 245 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  54.22 
 
 		 245 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 250 aa  240  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  55.82 
 
 		 245 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  50.6 
 
 		 252 aa  237  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 245 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  54.86 
 
 		 258 aa  236  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  52.34 
 
 		 254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  49.4 
 
 		 250 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  49.21 
 
 		 254 aa  228  6e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 		 245 aa  223  2e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 245 aa  218  6e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  51.19 
 
 		 254 aa  216  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 245 aa  215  5.9999999999999996e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  50.58 
 
 		 255 aa  209  3e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  44.84 
 
 		 270 aa  207  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  46.46 
 
 		 271 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  46.46 
 
 		 271 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  43.68 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  43.36 
 
 		 271 aa  189  5e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 270 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 278 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  44.84 
 
 		 267 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  42.06 
 
 		 261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  45.88 
 
 		 274 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 270 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 		 274 aa  179  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 261 aa  178  7e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  46.27 
 
 		 274 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 		 259 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  44.76 
 
 		 261 aa  175  6e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  45.34 
 
 		 262 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  45.1 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  43.48 
 
 		 259 aa  172  5e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5241  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 282 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 273 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 		 261 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 264 aa  171  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 259 aa  171  9e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  43.48 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3237  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  44 
 
 		 351 aa  170  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 261 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2590  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 274 aa  169  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 261 aa  169  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 264 aa  169  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 261 aa  169  4e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 271 aa  169  5e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  44.84 
 
 		 270 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  45.63 
 
 		 270 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 271 aa  169  5e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  44.05 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 260 aa  168  9e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 247 aa  167  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  44.05 
 
 		 270 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 		 278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  41.27 
 
 		 270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>