More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3066 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 255 aa  524  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  91.43 
 
 		 245 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  84.9 
 
 		 245 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  79.59 
 
 		 245 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  80 
 
 		 245 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  78.78 
 
 		 245 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  78.78 
 
 		 245 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  67.35 
 
 		 245 aa  343  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  63.01 
 
 		 246 aa  331  7.000000000000001e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  62.2 
 
 		 248 aa  321  6e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  63.56 
 
 		 251 aa  318  7e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  63.56 
 
 		 251 aa  318  7e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  62.35 
 
 		 249 aa  314  9.999999999999999e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  57.65 
 
 		 272 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 251 aa  311  5.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  56.47 
 
 		 268 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 		 259 aa  307  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 260 aa  299  2e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  61.54 
 
 		 247 aa  298  5e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  58.7 
 
 		 247 aa  297  9e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  59.51 
 
 		 249 aa  293  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  57.2 
 
 		 253 aa  287  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  56.8 
 
 		 252 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 250 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  57.14 
 
 		 246 aa  280  2e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  55.65 
 
 		 278 aa  278  7e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  56.73 
 
 		 250 aa  264  8.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  55.02 
 
 		 255 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  53.63 
 
 		 254 aa  258  8e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  55.92 
 
 		 254 aa  256  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 255 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 259 aa  255  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 257 aa  248  5e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 254 aa  247  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 257 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  53.75 
 
 		 261 aa  242  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  48.77 
 
 		 245 aa  239  4e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 		 261 aa  238  9e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  53.75 
 
 		 255 aa  233  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  47.13 
 
 		 245 aa  229  4e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 258 aa  226  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 243 aa  221  6e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 270 aa  203  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  44.84 
 
 		 271 aa  191  8e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  44.84 
 
 		 271 aa  191  8e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  47.37 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 261 aa  189  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 244 aa  186  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  45.82 
 
 		 269 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  43.7 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  45.34 
 
 		 259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 		 274 aa  182  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 		 351 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 267 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 260 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 270 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 		 263 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 259 aa  175  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 265 aa  175  8e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 264 aa  174  9e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 261 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  42.29 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 262 aa  170  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 		 276 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 270 aa  169  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  42.29 
 
 		 270 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  38.61 
 
 		 275 aa  168  6e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  39.84 
 
 		 289 aa  169  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 245 aa  168  9e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 269 aa  168  9e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>