More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0498 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 260 aa  528  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  68.42 
 
 		 248 aa  341  9e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  62.7 
 
 		 259 aa  324  8.000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  62.25 
 
 		 272 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  62.65 
 
 		 268 aa  321  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  63.27 
 
 		 245 aa  320  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  62.75 
 
 		 247 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  61.38 
 
 		 249 aa  312  3.9999999999999997e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 251 aa  311  9e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 251 aa  311  9e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  60.41 
 
 		 246 aa  310  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  61.54 
 
 		 251 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  61.85 
 
 		 250 aa  304  9.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  63.97 
 
 		 247 aa  300  1e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 255 aa  299  2e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  62.04 
 
 		 245 aa  298  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 245 aa  292  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  56.28 
 
 		 247 aa  291  8e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  62.86 
 
 		 245 aa  289  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  58.23 
 
 		 253 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  63.27 
 
 		 245 aa  285  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 245 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  61.63 
 
 		 245 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  60.73 
 
 		 254 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  57.32 
 
 		 246 aa  280  2e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  58.33 
 
 		 252 aa  279  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  57.6 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  56.85 
 
 		 278 aa  276  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  57.03 
 
 		 250 aa  276  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  58.96 
 
 		 254 aa  272  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  56.35 
 
 		 255 aa  269  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  56.35 
 
 		 255 aa  268  5e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 249 aa  262  4e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  53.97 
 
 		 261 aa  261  8e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  52.59 
 
 		 259 aa  254  9e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  56.35 
 
 		 257 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  54.37 
 
 		 257 aa  250  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  52.02 
 
 		 254 aa  250  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  56.85 
 
 		 258 aa  249  4e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  45.9 
 
 		 245 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  54.37 
 
 		 261 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  47.13 
 
 		 245 aa  239  4e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  54.66 
 
 		 255 aa  231  6e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  46.31 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  47.76 
 
 		 243 aa  223  2e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  43.82 
 
 		 270 aa  211  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 		 271 aa  204  8e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 274 aa  194  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  47.58 
 
 		 269 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 262 aa  192  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  45.97 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  46.01 
 
 		 266 aa  188  9e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 		 264 aa  188  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  45.06 
 
 		 274 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 271 aa  185  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 271 aa  185  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  45.12 
 
 		 259 aa  183  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  44.03 
 
 		 261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 267 aa  181  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  41.5 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 244 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 259 aa  178  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  44.66 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 262 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  42.64 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 262 aa  176  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  44.27 
 
 		 274 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 351 aa  176  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 270 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 270 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 270 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 270 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 270 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 285 aa  175  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 284 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 		 284 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 		 259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  43.7 
 
 		 265 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 		 274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 274 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  42.47 
 
 		 285 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 270 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 270 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 261 aa  171  9e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  43.58 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>