More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1130 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 248 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  68.42 
 
 		 260 aa  341  8e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  61.38 
 
 		 246 aa  323  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  62.2 
 
 		 255 aa  321  6e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  60 
 
 		 245 aa  312  2.9999999999999996e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 245 aa  311  4.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 245 aa  308  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  64.08 
 
 		 245 aa  305  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  58.78 
 
 		 249 aa  305  6e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  61.63 
 
 		 245 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 245 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  61.54 
 
 		 247 aa  301  5.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  58.7 
 
 		 247 aa  301  9e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  59.92 
 
 		 259 aa  298  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  57.89 
 
 		 251 aa  298  4e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  57.83 
 
 		 272 aa  298  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 251 aa  298  6e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 251 aa  298  6e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  58.23 
 
 		 268 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  58.7 
 
 		 247 aa  296  3e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  60.82 
 
 		 245 aa  295  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  55.87 
 
 		 250 aa  278  8e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  56.57 
 
 		 252 aa  277  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 253 aa  276  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  56.22 
 
 		 250 aa  276  3e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 250 aa  275  5e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  55.92 
 
 		 246 aa  275  7e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  55.1 
 
 		 254 aa  266  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  58.37 
 
 		 254 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  53.66 
 
 		 249 aa  266  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 		 254 aa  259  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  52.99 
 
 		 261 aa  259  4e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  52.59 
 
 		 259 aa  254  9e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 258 aa  249  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 255 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 255 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  49.8 
 
 		 278 aa  248  7e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  47.95 
 
 		 245 aa  247  1e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 		 245 aa  246  3e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  53.94 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  54.18 
 
 		 257 aa  245  4.9999999999999997e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  53.39 
 
 		 255 aa  239  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  51.81 
 
 		 257 aa  235  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 245 aa  233  1.0000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 243 aa  228  6e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  45.28 
 
 		 271 aa  199  3e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  198  7e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  46.53 
 
 		 269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 274 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 259 aa  187  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 247 aa  186  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  45.68 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  45.68 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 261 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  43.09 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 		 259 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 		 263 aa  182  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 264 aa  180  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  42.46 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 265 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 261 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 261 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 		 261 aa  180  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 261 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 266 aa  179  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 252 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 261 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 269 aa  178  8e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 264 aa  178  8e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 244 aa  178  9e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 267 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 261 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 270 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>