More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3352 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 278 aa  566  1e-160  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  57.09 
 
 		 249 aa  296  3e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  55.1 
 
 		 246 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  58.47 
 
 		 249 aa  289  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  55.87 
 
 		 247 aa  282  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  55.65 
 
 		 268 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  56.1 
 
 		 246 aa  281  7.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  58.37 
 
 		 245 aa  280  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  55.65 
 
 		 255 aa  278  8e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  55.92 
 
 		 245 aa  278  9e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  56.85 
 
 		 260 aa  276  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  56.73 
 
 		 245 aa  276  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  55.02 
 
 		 254 aa  275  9e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  57.72 
 
 		 250 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  53.23 
 
 		 272 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  57.14 
 
 		 245 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  53.2 
 
 		 259 aa  266  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  56.28 
 
 		 247 aa  264  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  51.42 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  58.47 
 
 		 258 aa  263  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  55.51 
 
 		 245 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 245 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  58.06 
 
 		 255 aa  261  1e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  55.1 
 
 		 245 aa  259  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  53.04 
 
 		 251 aa  259  4e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  53.04 
 
 		 251 aa  259  4e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  54.15 
 
 		 253 aa  258  9e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  57.32 
 
 		 254 aa  255  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  51.42 
 
 		 251 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  53.54 
 
 		 254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  53.82 
 
 		 252 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  50.4 
 
 		 259 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 248 aa  248  8e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 255 aa  244  9e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  51.98 
 
 		 255 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  51.6 
 
 		 250 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 245 aa  240  2e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 		 250 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  46.12 
 
 		 245 aa  240  2e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  53.73 
 
 		 257 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 245 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 270 aa  238  9e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  47.79 
 
 		 261 aa  234  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  50.97 
 
 		 257 aa  232  6e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 261 aa  228  8e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  49.37 
 
 		 262 aa  212  7e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  46.79 
 
 		 269 aa  211  7e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  47.15 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 265 aa  209  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 259 aa  208  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  46.25 
 
 		 271 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  42.64 
 
 		 261 aa  206  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  46.25 
 
 		 271 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 243 aa  204  1e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  44.05 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 271 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 271 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  46.12 
 
 		 259 aa  202  6e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  44.19 
 
 		 263 aa  201  9e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  43.43 
 
 		 270 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  46 
 
 		 274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  45.35 
 
 		 274 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  43.53 
 
 		 267 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  43.82 
 
 		 270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  43.61 
 
 		 289 aa  195  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  40.67 
 
 		 274 aa  195  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  43.68 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  43.13 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  41.73 
 
 		 264 aa  193  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  45.2 
 
 		 274 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  42.25 
 
 		 262 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 269 aa  194  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  43.65 
 
 		 270 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 270 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  43.41 
 
 		 261 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  43.43 
 
 		 270 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  42.25 
 
 		 264 aa  192  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  43.8 
 
 		 261 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 270 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  45.06 
 
 		 285 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 262 aa  190  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 266 aa  190  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  43.48 
 
 		 286 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  44.27 
 
 		 285 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  43.19 
 
 		 284 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  43.8 
 
 		 284 aa  188  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 264 aa  188  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  43.41 
 
 		 274 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 244 aa  187  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>