More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5141 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 264 aa  536  1e-151  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 244 aa  253  2.0000000000000002e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  51.85 
 
 		 256 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  48.57 
 
 		 262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  43.85 
 
 		 244 aa  232  6e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  48.36 
 
 		 244 aa  231  6e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  46.31 
 
 		 245 aa  231  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  46.34 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  46.34 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  47.15 
 
 		 247 aa  223  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  48.36 
 
 		 244 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  48.36 
 
 		 244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  46.12 
 
 		 250 aa  219  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 244 aa  219  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  47.33 
 
 		 252 aa  210  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  47.58 
 
 		 266 aa  211  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 248 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 248 aa  209  3e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  44.92 
 
 		 269 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  45.38 
 
 		 259 aa  204  1e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 244 aa  203  3e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  46.56 
 
 		 259 aa  202  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 244 aa  202  4e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 283 aa  201  7e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 252 aa  201  9e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 264 aa  199  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  41.84 
 
 		 262 aa  198  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  44.03 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 264 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  42.68 
 
 		 249 aa  195  7e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  43.21 
 
 		 263 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  41.73 
 
 		 278 aa  193  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  45.42 
 
 		 262 aa  193  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  44.03 
 
 		 245 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 270 aa  194  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  40.55 
 
 		 267 aa  192  3e-48  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  43.62 
 
 		 271 aa  193  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 273 aa  192  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  43.62 
 
 		 245 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  42.39 
 
 		 270 aa  192  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.72 
 
 		 250 aa  190  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 245 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 245 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 245 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 245 aa  188  8e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 261 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 245 aa  188  9e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 270 aa  188  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 270 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 270 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 270 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 270 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  41.47 
 
 		 270 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01267  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 257 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 261 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 245 aa  186  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 245 aa  186  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 245 aa  186  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 264 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 261 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 262 aa  186  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 247 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  44.05 
 
 		 261 aa  185  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 283 aa  185  8e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 248 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  42.21 
 
 		 259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 302 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 270 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 270 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 270 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  43.43 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 261 aa  182  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  39.92 
 
 		 270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>