More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1060 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  99.6 
 
 		 248 aa  507  1e-143  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 248 aa  508  1e-143  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  46.77 
 
 		 260 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  47.33 
 
 		 245 aa  244  8e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  47.33 
 
 		 245 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  46.09 
 
 		 245 aa  243  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  46.5 
 
 		 245 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  46.91 
 
 		 245 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  46.91 
 
 		 245 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  46.5 
 
 		 245 aa  242  5e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  46.91 
 
 		 245 aa  240  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  45.68 
 
 		 245 aa  238  5e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 		 244 aa  238  5e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  45.68 
 
 		 245 aa  238  8e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 		 244 aa  235  4e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  45.56 
 
 		 244 aa  228  8e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  45.56 
 
 		 244 aa  227  2e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 		 244 aa  221  9e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 250 aa  217  1e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  42.91 
 
 		 246 aa  215  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  42.91 
 
 		 246 aa  215  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 244 aa  216  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 262 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 252 aa  210  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 259 aa  210  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 264 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 245 aa  208  5e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 271 aa  209  5e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 244 aa  206  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 262 aa  205  4e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 256 aa  203  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 261 aa  201  9e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 244 aa  199  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 		 252 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 248 aa  195  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 252 aa  195  5.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 247 aa  192  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.34 
 
 		 245 aa  192  4e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 		 252 aa  192  4e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 247 aa  191  8e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 247 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 247 aa  191  9e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 247 aa  191  9e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 247 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 252 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 		 247 aa  189  4e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 250 aa  188  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 264 aa  187  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.94 
 
 		 246 aa  186  2e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.73 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 262 aa  186  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 		 258 aa  185  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  39.92 
 
 		 249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 283 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.17 
 
 		 244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 263 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.9 
 
 		 278 aa  178  9e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 262 aa  177  1e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  36.73 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 262 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 261 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  35.18 
 
 		 289 aa  175  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  175  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 261 aa  175  7e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 270 aa  174  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 270 aa  174  9e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 270 aa  174  9e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>