More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_0319 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
250 aa  518  1e-146  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  51.84 
 
 
250 aa  256  2e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  51.63 
 
 
247 aa  255  4e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 
259 aa  223  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  47.56 
 
 
244 aa  223  3e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 
244 aa  217  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  47.13 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  48 
 
 
271 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  46.96 
 
 
245 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  48.37 
 
 
246 aa  209  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  48.37 
 
 
246 aa  209  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  47.37 
 
 
248 aa  208  8e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  46.25 
 
 
245 aa  203  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
264 aa  202  4e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  43.31 
 
 
262 aa  202  5e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  44.66 
 
 
264 aa  201  9e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  45.38 
 
 
247 aa  199  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
256 aa  199  3e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 
261 aa  199  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  44.67 
 
 
249 aa  199  3.9999999999999996e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  45.38 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
252 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  45.38 
 
 
252 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 
244 aa  196  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 
250 aa  194  8.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
258 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 
244 aa  189  4e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
244 aa  189  5e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 
248 aa  188  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 
248 aa  188  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
244 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
245 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 
252 aa  186  3e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
245 aa  185  7e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 
264 aa  184  9e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
256 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 
252 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 
261 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 
261 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 
253 aa  180  2e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  43.8 
 
 
257 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 
248 aa  176  2e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 
244 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 
245 aa  175  8e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 
285 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 
245 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 
285 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 
245 aa  171  9e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 
245 aa  171  9e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
252 aa  171  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
245 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
245 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 
245 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 
245 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 
245 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 
245 aa  168  8e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 
264 aa  168  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 
247 aa  167  2e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 
245 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 
258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
287 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 
260 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1416  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 
246 aa  165  8e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  37.3 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.51 
 
 
245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 
271 aa  162  6e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
271 aa  161  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
271 aa  161  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
270 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
270 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
270 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
270 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
270 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  37.45 
 
 
289 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 
267 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 
267 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28572  predicted protein  38.7 
 
 
286 aa  159  3e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0301527  hitchhiker  0.000000212396 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.52 
 
 
244 aa  159  3e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.96 
 
 
246 aa  159  4e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 
246 aa  159  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 
288 aa  159  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.1 
 
 
245 aa  159  5e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 
259 aa  158  6e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 
248 aa  157  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 
263 aa  157  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 
270 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 
261 aa  156  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>