More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2251 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 246 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  55.69 
 
 		 254 aa  290  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 297 aa  258  7e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  52.42 
 
 		 278 aa  249  4e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1395  tRNA pseudouridine synthase A  49.46 
 
 		 277 aa  226  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  47.27 
 
 		 259 aa  221  9e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  44.72 
 
 		 258 aa  192  5e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 		 244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 252 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  41.73 
 
 		 245 aa  181  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 		 244 aa  178  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 252 aa  176  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 244 aa  175  5e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 252 aa  175  5e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 252 aa  175  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 247 aa  175  6e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 247 aa  175  6e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 247 aa  175  6e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 247 aa  175  6e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 252 aa  175  7e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 252 aa  175  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 265 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  45.28 
 
 		 250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 244 aa  171  7.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 245 aa  171  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 260 aa  170  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 261 aa  169  3e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  42.11 
 
 		 278 aa  169  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3614  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 264 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421656  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 261 aa  169  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 245 aa  169  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 256 aa  169  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 245 aa  169  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 245 aa  168  7e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 270 aa  166  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 267 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 267 aa  166  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  40.93 
 
 		 264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.93 
 
 		 246 aa  166  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 351 aa  165  5e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 302 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 		 250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 261 aa  163  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.34 
 
 		 247 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 274 aa  162  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 266 aa  162  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  40.64 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 260 aa  160  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 278 aa  160  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  40.64 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5241  tRNA pseudouridine synthase A  36.74 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 250 aa  159  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  41 
 
 		 260 aa  159  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 284 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 282 aa  159  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 290 aa  159  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 259 aa  159  4e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 260 aa  159  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 252 aa  159  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 261 aa  159  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 247 aa  158  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 274 aa  158  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 332 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  40.55 
 
 		 244 aa  156  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  36.29 
 
 		 249 aa  156  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>